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Autodock问题集锦1. autodock给出的binding energy可靠性如何？Autodock给出的结合自由能 仅仅是一种打分函数！ 很粗略的这个仅仅用来评判小分子与受体结合得与否好的一种原则就犹如GOLD 或者 Surflex 等对接软件给出的chemscore GOLD socre Cscore 等等这样的打分函数！是由半经验公式得到的，并不能精确的描述结合的自由能除了autodock尚有如下软件可以计算自由能或打分a. 本来的Insight（目前的DS）中的docking，可以给出两者互相作用能涉及静电能和范德华能b. dock也能算，MM/PBSA打分，此外schrodinger旗下的macromodel模块，prime模块都能算binding energy2. 用autodock做对接，请问里面格子大小及其中心的选择根据格子的中心和你的活性位点有关~一般设在你的活性位点上即可，大小只要能涉及你觉得也许发生作用的区域就可以了~3. AUTODOCK 产生的氢键原理在AUTODOCK 4.0做对接，对接完毕后看蛋白与配体互相作用的时候，有一种氢键形成，是蛋白中的一种蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢键 该O 上没有氢，两边连的是C查看TXT文本，该S原子的类型为 SD ，也就是S是氢键给体AUTODOCK里定义的是S是氢键给体，O是氢键受体。

对于这个H键，显而易见，O是氢键受体，但是S是如何成为氢键给体的呢？它的两个键也是接的是C求助解释下，S与O是如何形成氢键的？如果两个杂原子间距（不不小于两个氢键键长）和角度在一定范畴内，诸多软件会觉得它们能通过H原子介导形成氢键互相作用，即共用一种氢原子，各软件定义的范畴不同，此氢原子亦可来自于水分子，固然你对接过程中也许没有添加水分子，事实上分子间空隙是会填充水的此外建议你用Sybyl看氢键会好某些4. 使用autodock之前需要进行能量最小化优化吗？对接时，计算机会自动寻找小分子不同的构象进行对接，但寻找的方式有随机性，在你设立对接次数大时也许影响不大，但如果设立的次数少就也许没找到最低能构象，如果对接之前能量最小化了，不管设立的参数如何，最低能构象一定在里面5. 有关AutoDock输出成果中的能量值下面是autodock运营 打分值最佳的输出成果Rank: 1_1Binding Energy:             -15.1kI :                        8.58pMIntermolecular Energy :     -14.39Internal Energy :           -5.38Torsional Energy :          3.84Unbound Extended Energy:    -0.83Cluster RMS:                 0.0Ref RMS:                     6.79tutorial中说Dock Energy=intermolecular energy+internal energy那么在此例中Dock Energy=-14.39+(-5.38)=-19.77,而Binding Energy=-15.1,两者并不相等,但两者是平行的,按这两个能量值进行排序都得到相似的排序成果我很困惑的是 如果Binding Energy就是我们关怀的Binding Free Energy(结合自由能△G),那么Dock Energy又是什么含义?Dock Energy and Binding Energy有什么不同,她们都是怎么定义的?尚有这里Binding Energy的单位是kcal/mol还是kJ/mol或是其他?有关docked Energy: 对接能量＝分子间能量+分子内能量有关freeEnergy: 自由能＝分子间能量项+扭转熵因子罚分项（这一项的值是一种常数乘以配体内可旋转键数目，此处我怀疑这一项的值要么是那个unbound extended energy,是这一项值的也许性比较大，由于这两项加起来很接近freeEnergy的值，但又不是绝对相等，小数点后总差点。

分子间的结合自由能计算不应涉及分子内能,这点我非常的认同.我的理解是文献中引用的能量值△G(结合自由能,binding free energy)就是输出中的binding energy,即 △G=binding free energy=binding energy,AutoDocK成果中的△G应当直接计算得出,不也许再通过计算得到.freeEnergy与Binding energy 虽然很接近,但不绝对相等.很也许是它们的定义略有不同,而不能将她们等同起来,由于我觉得AutoDocK那么广泛使用的程序,不也许在这点上没有做到精确.Binding Energy=Intermolecular Energy +Internal Energy +Torsional Energy- Unbound Extended Energy,单位是kcal/molinternal energy也许是指配体结合前后内能的差值，不是内能的绝对值AutoDocK中评价函数中不应当涉及内能(差值),设想若对接的起始构象不同,理论上如果对接好的化,它们会得到同一构象和取向,那么这里internal energy(差值)是不同的,显然不能涉及在AutoDocK中评价函数中我查阅了徐莜杰的书及有关资料以及tutarial中的解释,得出一下结论△G(bind)(评价函数)= △G(vdw)+△G(H-bond)+△G(ele)+△G(del-sol)+ △G(tor)通过计算证明前四项涉及在intermolecular energy中,此外,free energy=intermolecular energy+torsion entropy penalty 正如2楼兄弟所说 freeEnergy: 自由能＝分子间能量项+扭转熵因子罚分项（这一项的值是一种常数乘以配体内可旋转键数目，这一项的值是那个unbound extended energy,也许性比较大，由于这两项加起来很接近freeEnergy的值，但又不是绝对相等，小数点后总差点。

对接成果中Torsional Energy : 3.84Unbound Extended Energy: -0.83 这两个值是固定的,即不管你排名如何,构象如何,她们的值都是这个.这两个能量表达的是同一种东西. 因此推测Unbound Extended Energy=△G(tor)这样△G(bind)(评价函数)= △G(vdw)+△G(H-bond)+△G(ele)+△G(del-sol)+ △G(tor)=intemolecar energy+ △G(tor)=free energy约=binding energy而docked energy在这里对我们来说没有多少价值6. Analyze措施(八) /* Analyze */A：1.Analyze -> Docking -> (檔名.dlg) 2.Analyze -> Conformations -> Play (可讓ligand變更位置，ps.已對結好的位置)3.Macromolecule -> (檔名.pdbqt) (protein)(八) /* Analyze */B：1. Analyze -> Grids -> Open Other [選擇步驟(五)中的九個由autogrid 產生的文  件，每一個文献都代表不同的力場]2.Analyze -> Conformations -> Play (ligand可配合任一力場，做autodock所產生  出的九個docking位置，並判斷它們的關係)(八) /* Analyze */C：1. Analyze -> Conformations -> Extract Histogram… (計算分子對接，ligand與  protein bind site的分數高下並由高到。