实验六序列相似性的比对和搜索.doc

1实验六 序列相似性的比对和搜索一、实验目的一、实验目的1．能够熟练使用 NCBI 网站的 BLAST 系列工具，通过 NCBI 中的 BLAST 功能，对所提供的基因组序列或蛋白质序列进行相似性比对，找到在 GenBank 中与之相似的序列，推测所比对序列的功能2．能够熟练掌握用 Clustalx 软件进行双序列和多序列比对3．学会使用 EMBL 上的 Clustalw 工具进行比对二、实验内容及操作步骤二、实验内容及操作步骤（一）BLAST 的使用1．Blastn：进入 NCBI 主页下载关于AY125911、AF513548、AF525146、AF492473、AY497910、AY497911 等核酸序列或其它你感兴趣的核酸序列（Fasta 格式） 21) 进入http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/；2) 选择 Nucleotide→Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)进行核酸相似性数据库搜索；3) 在 search 对话框中粘贴入下载的相关核酸序列 (Fasta 格式)；4) 调整各参数值，直到获得最佳比对；5) 点击进行比对；6) 点击 Format!对结果进行格式化，可在下面的选项中自行设计结果的显示方式；7) 查看比对结果，看在数据库中找到的序列与你的序列是否相似或相同。

32．Blastp：进入 NCBI 主页下载某一蛋白质序列(Fasta 格式)，如 cytochrome oxidase, peroxidase, SOD (Superoxide Dimutase)1) 选择 Protein→Protein-protein BLAST (blastp)进行蛋白质相似性数据库搜索；2) 在 search 对话框中粘贴入下载的蛋白质序列(Fasta 格式)；3) 调整各参数值，直到获得最佳比对；4) 点击进行比对；5) 点击 Format!对结果进行格式化，可自行设计结果的显示方式；6) 查看比对结果，看在数据库中找到的序列与你的序列是否相似或相同3．Bl2seq：进入 NCBI 主页下载某两条核酸或蛋白质序列(Fasta 格式)1) 进入http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/；2) 点击 Special 目录下的Align two sequences (bl2seq)；43) 将两条序列分别输入 Sequence 1 和 Sequence 1 区域；4) 点 Align 进行比对；5) 根据结果查看 bl2seq 是否允许插入空位4．EMBL-BLAST1) 进入 http://www.ebi.ac.uk/；2) 点击 ToolBox 下的 Blast2 - NCBI；3) 自行练习 EMBL-BLAST，并比较与 NCBI 上的 BLAST 有何区别。

二）Clustalx 软件和 Clustalw 的使用1．使用 Clustalx 软件进行双序列比对：在 NCBI 中，搜索 H5N1 或任何你感兴趣的核酸或蛋白序列，选中两条序列，并一起存为 FASTA 文件，文件名为 newname.fasta, 文件内容例如：>xxxxATTTCGGGTGCTCGATGCTAGG>xxxxxATATTATCATAGAGGGATACCCCCTGGGG1) 点击软件的 File→Load Sequences，加载保存的 fasta 文件；2) 点击 Alignment→Do Alignment，进行默认参数的双序列比对；3) 将比对后的文件存到指定的目录，并用记事本打开并查看你保存的文件；4) 点击 Alignment→Alignment Parameters→Pairwise Alignment Parameters，设置各个参数，再进行第 3 步看结果有何不同；5) 点击 Alignment→Output Format Options，将存储的文件格式进行修改（默认为xxx.aln） ，执行 3、4 步骤，看不同文件格式的文件内容有何不同52．使用 EMBL 的 Clustalw 工具进行多序列比对：在 NCBI 中下载三条或三条以上核酸或蛋白质序列（Fasta 格式） 。

1) 进入 EMBL 主页：http://www.ebi.ac.uk/；2) 点击 Services, 点击 ToolBox→Sequence Analysis→ClustalW；3) 在对话框中输入下载的核酸或蛋白序列，点击 Run 进行默认参数的比对；4) 点击查看 Results of search 下的内容；5) 进入 3 步骤所在页面，修改 Clustalw 中的各参数并重复 4 步骤，看比对结果有何不同；6) 进入 3 步骤所在页面，在输入你的 E-mail，并在选择E-mail，查看邮箱中的结果6三、作业三、作业1．请在 NCBI 中查找你感兴趣的某一个基因或蛋白，通过 BLAST 工具检索与其高度相似序列，并将你查的这一基因或蛋白以及你检索到的与其最相似的序列列出来（包含序列格式） ，简单说明查询序列与检索出来的序列有何功能上的差异2．请从 NCBI 上下载三条或三条以上你感兴趣的一类基因或蛋白，通过 Clustalx 软件7进行比对，提交比对结果图并简要在图上说明比对的这一类基因或蛋白的序列在哪些区域存在差别。