标准的RT-PCR引物设计.doc

标准的RT-PCR引物设计下面以RT-PCR中B-actin的引物设计为例说明，如何设计用于RT-PCR的引物除了 遵循一般的引物设计原则外，RT-PCR引物设计的一个重要附加原则就是跨越内含子其目 的是降低Genomic DNA的干扰人类B-actin的Genomic DNA序列注册号：M10277人类B-actin的mRNA/cDNA 序列注册号：X00351 >Human_beta_act in_DNAGCCCAGCACCCCAAGGCGGCCAACGCCAAAACTCTCCCTCCTCCTCTTCCTCAATCTCGCTCTCGCTCTTTTTTTTTTT CGCAAAAGGAGGGGAGAGGGGGTAAAAAAATGCTGCACTGTGCGGCGAAGCCGGTGAGTGAGCGGCGCGGGGCCAATCA GCGTGCGCCGTTCCGAAAGTTGCCTTTTATGGCTCGAGCGGCCGCGGCGGCGCCCTATAAAACCCAGCGGCGCGACGCG CCACCACCGCCGAGACCGCGTCCGCCCGCGAGCACAGAGCCTCGCCTTTGCCGATCCGCCGCCCGTCCACACCCGCCGC CAGGTAAGCCCGGCCAGCCGACCGGGGCATGCGGCCGCGGCCCTTCGCCCGTGCAGAGCCGCCGTCTGGGCCGCAGCGG GGGGCGCATGGGGCGGAACCGGACCGCCGTGGGGGGCGCGGGAGAAGCCCCTGGGCCTCCGGAGATGGGGGACACCCCA CGCCAGTTCGCAGGCGCGAGGCCGCGCTCGGGCGGGCGCGCTCCGGGGGTGCCGCTCTCGGGGCGGGGGCAACCGGCGG GGTCTTTGTCTGAGCCGGGCTCTTGCCAATGGGGATCGCACGGTGGGCGCGGCGTAGCCCCCGTCAGGCCCGGTGGGGG CTGGGGCGCCATGCGCGTGCGCGCTGGTCCTTTGGGCGCTAACTGCGTGCGCGCTGGGAATTGGCGCTAATTGCGCGTG CGCGCTGGGACTCAATGGCGCTAATCGCGCGTGCGTTCTGGGGCCCGGGCGCTTGCGCCACTTCCTGCCCGAGCCGCTG GCGCCCGAGGGTGTGGCCGCTGCGTGCGCGCGCGCGACCCGGTCGCTGTTTGAACCGGGCGGAGGCGGGGCTGGCGCCC GGTTGGGAGGGGGTTGGGGCCTGGCTTCCTGCCGCGCGCCGCGGGGACGCCTCCGACCAGTGTTTGCCTTTTATGGTAA TAACGCGGCCGGCCCGGCTTCCTTTGTCCCCAATCTGGGCGCGCGCCGGCGCCCCCTGGCGGCCTAAGGACTCGGCGCG CCGGAAGTGGCCAGGGCGGGGGCGACTTCGGCTCACAGCGCGCCCGGCTATTCTCGCAGCTCACCATGGATGATGATAT CGCCGCGCTCGTCGTCGACAACGGCTCCGGCATGTGCAAGGCCGGCTTCGCGGGCGACGATGCCCCCCGGGCCGTCTTC CCCTCCATCGTGGGGCGCCCCAGGCACCAGGTAGGGGAGCTGGCTGGGTGGGGCAGCCCCGGGAGCGGGCGGGAGGCAA GGGCGCTTTCTCTGCACAGGAGCCTCCCGGTTTCCGGGGTGGGCTGCGCCCGTGCTCAGGGCTTCTTGTCCTTTCCTTC CCAGGGCGTGATGGTGGGCATGGGTCAGAAGGATTCCTATGTGGGCGACGAGGCCCAGAGCAAGAGAGGCATCCTCACC CTGAAGTACCCCATCGAGCACGGCATCGTCACCAACTGGGACGACATGGAGAAAATCTGGCACCACACCTTCTACAATG AGCTGCGTGTGGCTCCCGAGGAGCACCCCGTGCTGCTGACCGAGGCCCCCCTGAACCCCAAGGCCAACCGCGAGAAGAT GACCCAGGTGAGTGGCCCGCTACCTCTTCTGGTGGCCGCCTCCCTCCTTCCTGGCCTCCCGGAGCTGCGCCCTTTCTCA CTGGTTCTCTCTTCTGCCGTTTTCCGTAGGACTCTCTTCTCTGACCTGAGTCTCCTTTGGAACTCTGCAGGTTCTATTT GCTTTTTCCCAGATGAGCTCTTTTTCTGGTGTTTGTCTCTCTGACTAGGTGTCTGAGACAGTGTTGTGGGTGTAGGTAC TAACACTGGCTCGTGTGACAAGGCCATGAGGCTGGTGTAAAGCGGCCTTGGAGTGTGTATTAAGTAGGCGCACAGTAGG TCTGAACAGACTCCCCATCCCAAGACCCCAGCACACTTAGCCGTGTTCTTTGCACTTTCTGCATGTCCCCCGTCTGGCC TGGCTGTCCCCAGTGGCTTCCCCAGTGTGACATGGTGCATCTCTGCCTTACAGATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCC AGCCATGTACGTTGCTATCCAGGCTGTGCTATCCCTGTACGCCTCTGGCCGTACCACTGGCATCGTGATGGACTCCGGT GACGGGGTCACCCACACTGTGCCCATCTACGAGGGGTATGCCCTCCCCCATGCCATCCTGCGTCTGGACCTGGCTGGCC GGGACCTGACTGACTACCTCATGAAGATCCTCACCGAGCGCGGCTACAGCTTCACCACCACGGCCGAGCGGGAAATCGT GCGTGACATTAAGGAGAAGCTGTGCTACGTCGCCCTGGACTTCGAGCAAGAGATGGCCACGGCTGCTTCCAGCTCCTCC CTGGAGAAGAGCTACGAGCTGCCTGACGGCCAGGTCATCACCATTGGCAATGAGCGGTTCCGCTGCCCTGAGGCACTCT TCCAGCCTTCCTTCCTGGGTGAGTGGAGACTGTCTCCCGGCTCTGCCTGACATGAGGGTTACCCCTCGGGGCTGTGCTG TGGAAGCTAAGTCCTGCCCTCATTTCCCTCTCAGGCATGGAGTCCTGTGGCATCCACGAAACTACCTTCAACTCCATCA TGAAGTGTGACGTGGACATCCGCAAAGACCTGTACGCCAACACAGTGCTGTCTGGCGGCACCACCATGTACCCTGGCAT TGCCGACAGGATGCAGAAGGAGATCACTGCCCTGGCACCCAGCACAATGAAGATCAAGGTGGGTGTCTTTCCTGCCTGA GCTGACCTGGGCAGGTCAGCTGTGGGGTCCTGTGGTGTGTGGGGAGCTGTCACATCCAGGGTCCTCACTGCCTGTCCCC TTCCCTCCTCAGATCATTGCTCCTCCTGAGCGCAAGTACTCCGTGTGGATCGGCGGCTCCATCCTGGCCTCGCTGTCCACCTTCCAGCAGATGTGGATCAGCAAGCAGGAGTATGACGAGTCCGGCCCCTCCATCGTCCACCGCAAATGCTTCTAGGCGGACTATGACTTAGTTGCGTTACACCCTTTCTTGACAAAACCTAACTTGCGCAGAAAACAAGATGAGATTGGCATGGCTTTATTTGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTTGACTCAGGATTTAAAAACTGGAACGGTGAAGGTGACAGCAGTCGGTTGGAGCGAGCATCCCCCAAAGTTCACAATGTGGCCGAGGACTTTGATTGCATTGTTGTTTTTTTAATAGTCATTCCAAATATGAGATGCATTGTTACAGGAAGTCCCTTGCCATCCTAAAAGCCACCCCACTTCTCTCTAAGGAGAATGGCCCAGTCCTCTCCCAAGTCCACACAGGGGAGGTGATAGCATTGCTTTCGTGTAAATTATGTAATGCAAAATTTTTTTAATCTTCGCCTTAATACTTTTTTATTTTGTTTTATTTTGAATGATGAGCCTTCGTGCCCCCCCTTCCCCCTTTTTGTCCCCCAACTTGAGATGTATGAAGGCTTTTGGTCTCCCTGGGAGTGGGTGGAGGCAGCCAGGGCTTACCTGTACACTGACTTGAGACCAGTTGAATAAAAGTGCACACCTTAAAAATGAGGCCAAGTGTGACTTTGTGGTGTGGCTGGGTTGGGGGCAGCAGAGGGTG >Human_bet a_act i nmRNATTGCCGATCCGCCGCCCGTCCACACCCGCCGCCAGCTCACCATGGATGATGATATCGCCGCGCTCGTCGTCGACAACGG CTCCGGCATGTGCAAGGCCGGCTTCGCGGGCGACGATGCCCCCCGGGCCGTCTTCCCCTCCATCGTGGGGCGCCCCAGG CACCAG0GCGTGATGGT 显匹 ATGGGTCAGAA显ATTCCTATGT 匹 GCGACGAGGCCCAGAGC 醴 GAGA-GGCATCCTCA CCCTGAAGTACCCCATCGAGCACGGCATCGTCACCAACTGGGACGACATGGAGAAAATCTGGCACCACACCTTCTACAA TGAGCTGCGTGTGGCTCCCGAGGA实 ACCCCGTGCTpCTGACCGAGGCCCCC-CTGAACCCCAAGGC：CA4CCGCGAGAAG ATGACCCAGATCATGTTTGAGACCTTCAACACCCCAGCCATGTACGTTGCTATCCAGGCTGTGCTATCCCTGTACGCCT CTGGCCGTACCACTGGCATCGTGATGGACTCCGGTGACGGGGTCACCCACACTGTGCCCATCTACGAGGGGTATGCCCT CCCCCATGCCATCCTGCGTCTGGACCTGGCTGGCCGGGACCTGACTGACTACCTCATGAAGATCCTCACCGAGCGCGGC TACAGCTTCACCACCACGGCCGAGCGGGAAATCGTGCGTGACATTAAGGAGAAGCTGTGCTACGTCGCCCTGGACTTCG AGCAAGAGATGGCCACGGCTGCTTCCAGCTCCTCCCTGGAGAAGAGCTACGAGCTGCCTGACGGCCAGGTCATCACCAT TGGCAATGAGCGGTTCCGCTGCCCTGAGGCACTCTTCCAGCCTTCCTTCCTGGGCATGGAGTCCTGTGGCATCCACGAA ACTACCTTCAACTCCATCATGAAGTGTGACGTqGACATCCGCAAAGACCTGTACGCCAACACAGTGCTGTCTGGCGGCA CCACCATGTACCCTGGCATTGCCGACAGGATGCAGAAGGAGATCACTGCCCTGGCACCCAGCACAATGAAGATCAAGAT CATTGCTCCT。