实验五拟南芥TDNA插入突变纯合体的鉴定.ppt
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拟南芥拟南芥T-DNA插入突变体的鉴定插入突变体的鉴定 实验目的实验目的1．熟练掌握植物基因组DNA快速提取的方法；2．掌握利用PCR方法鉴定拟南芥T-DNA插入突变体的方法 T-DNA插入鉴定的原理 突变体鉴定的步骤1.T-DNA插入基因的基因组序列；2.T-DNA插入方向的确定；3.T-DNA插入位置的确定；4.引物设计；5.PCR扩增；6.电泳检测 T-DNA插入基因的基因组序列http://www.arabidopsis.org 点击基因编号进入网页http://www.arabidopsis.org 点击sequence viewer进入http://www.arabidopsis.org 点击nucleotide view进入 http://www.arabidopsis.org 点击突变体编号后进入的网页http://www.arabidopsis.org 进入网站进入网站http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress查找基因突变体及插入方向查找基因突变体及插入方向 基因方向T-DNA方向5’引物3’引物实验设计 引物设计•基因上面引物的设计可以通过下面提供的拟南芥网站http://signal.salk.edu/tdnaprimers.html进行自动生成，也可以根据自己的需要进行设计。
一般进行鉴定的引物距离T-DNA插入的位置300bp以上为宜，即300+N bp•LBa1 of pBIN-pROK2 for SALK lines：TGGTTCACGTAGTGGGCCATCG 植物基因组DNA的快速提取 （1）取植物叶片（拟南芥一片叶子），置于1.5ml离心管中，加入400 ml提取缓冲液；（2）用研磨棒研磨植物材料，直至缓冲液变为绿色；（3）在台式离心机上13000 rpm离心5分钟；（4）离心后将上清300 ml转移至一个新的1.5 ml离心管中；（5）在上清中加入300 ml异丙醇，混匀后于室温下13000 rpm条件下，离心5分钟；（6）弃上清后，用70%乙醇润洗沉淀，并在室温下干燥沉淀；（7）100 ml TE溶解沉淀，将制备好的样品在4℃保存备用此方法提取的基因组（此方法提取的基因组DNA只适用于只适用于PCR的鉴定，不适合酶切和大片段基因的扩增）的鉴定，不适合酶切和大片段基因的扩增） PCR鉴定 30ml反应体系： 2ml 植物基因组DNA样品 3ml 10×扩增缓冲液 0.5ml Taqase （5U/ml） 0.5 ml dNTP（10 mmol/L） 1ml 引物1（10 mmol/L） 1ml 引物2（10 mmol/L） 用无菌水补足体积。
PCR反应条件94℃ 3min30循环（94℃/1min，55℃/1min，72℃/1min）； 72℃ 延伸10min注：反应条件需根据所要扩增产物的大小和引物的性质进行合适的调整 PCR安排安排每小组四个PCR反应，引物和DNA模板分别如下： 1.WT基因组模板2个PCR反应：引物分别为基因自身的5‘和3’端引物；5‘引物和LBa引物2.突变体基因组为模板2个PCR反应：引物分别为基因自身的5‘和3’端引物；5‘引物和LBa引物 046号突变体的鉴定（号突变体的鉴定（1-6组）组） 30m ml反应体系反应体系1：： 2 ml 植物基因组DNA样品（WT） 3 ml 10×扩增缓冲液 0.5 ml Taqase （5U/ml） 0.5 ml dNTP（10mmol/L） 1 ml 046 5’引物（10mmol/L） 1 ml 0463’引物（10mmol/L） 30m ml反应体系反应体系2：： 2 ml 植物基因组DNA样品WT 3 ml 10×扩增缓冲液 0.5 ml Taqase （5U/ml） 0.5 ml dNTP（10 mmol/L） 1 ml 046 5’引物（10 mmol/L） 1 ml LBa 引物（10 mmol/L） 30m ml反应体系反应体系3：： 2 ml 植物基因组DNA样品（111） 3 ml 10×扩增缓冲液 0.5 ml Taqase （5U/ml） 0.5 ml dNTP（10mmol/L） 1 ml 046 5’引物（10mmol/L） 1 ml 0463’引物（10mmol/L） 30m ml反应体系反应体系4：： 2 ml 植物基因组DNA样品（111） 3 ml 10×扩增缓冲液 0.5 ml Taqase （5U/ml） 0.5 ml dNTP（10 mmol/L） 1 ml 046 5’引物（10 mmol/L） 1 ml LBa 引物（10 mmol/L） 135号突变体的鉴定（号突变体的鉴定（7-11组）组） 30m ml反应体系反应体系1：： 2ml 植物基因组DNA样品（WT） 3ml 10×扩增缓冲液 0.5 ml Taqase （5U/ml） 0.5 ml dNTP（10 mmol/L） 1ml 135 5’引物（10 mmol/L） 1ml 135 3’引物（10 mmol/L） 30m ml反应体系反应体系2：： 2ml 植物基因组DNA样品（WT） 3ml 10×扩增缓冲液 0.5 ml Taqase （5U/ml） 0.5 ml dNTP（10 mmol/L） 1ml 135 3’引物（10 mmol/L） 1ml LBa 引物（10 mmol/L） 30m ml反应体系反应体系3：： 2ml 植物基因组DNA样品（111） 3ml 10×扩增缓冲液 0.5 ml Taqase （5U/ml） 0.5 ml dNTP（10 mmol/L） 1ml 135 5’引物（10 mmol/L） 1ml 135 3’引物（10 mmol/L） 30m ml反应体系反应体系4：： 2ml 植物基因组DNA样品（111） 3ml 10×扩增缓冲液 0.5 ml Taqase （5U/ml） 0.5 ml dNTP（10 mmol/L） 1ml 135 3’引物（10 mmol/L） 1ml LBa 引物（10 mmol/L） 电泳检测•每个大组选两个人点样，电泳结果扫描保存，下次课看结果。
