使用clustal软件及phylip构建系统发生树.ppt

用用ClustalXClustalX及及PHYLIPPHYLIP软件软件构建系统发生树构建系统发生树狂产什拦悼探卓孤舞熔或目糊腺阁防戊输厕泉责侣伸约六吱桥恳界酸快惫使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树进化树（进化树（Phylogenetic tree）分析）分析对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤1 To align sequences，要对所分析的多序列目标进行排列；常用的软件有：，要对所分析的多序列目标进行排列；常用的软件有：CLUSTALX和和CLUSTALW2To reconstrut phyligenetic tree，构建一个进化树；，构建一个进化树；3对进化树进行评估主要采用对进化树进行评估主要采用Bootstraping法的挪恃猾堆松蜡颂诚痘垣湍喇窘主太谐构轰萨蜀渊塌闯驳弱设舰莎窝叠刀使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树1.要对所分析的多序列目标进行排列（To align sequences）做ALIGNMENT的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW，前者是在WINDOW下的而后者是在DOS下的。

胸鹊陨该叶骚愤送北圭柬娄业全肢限题韩紧狠岸叭岛悬录名纹浴凑俱些篱使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树PHYLIP软件介绍v主要包括五个方面的功能：I.DNA和蛋白质序列数据的分析软件II.序列数据转变方面的功能软件，对距离数据分析的软件III.对基因频率和连续的元素分析的软件IV.把序列的每个碱基/氨基酸独立看待时，对序列进行分析的软件V.绘制和修改进化树的软件聋鞠雷诞载桐膝宰枯蛇阮跃瞎祖闹养懈职钥启盗舶薯抚呻及伶帝播坍敲壤使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树对进化树进行评估：Bootstraping法所谓Bootstraping法就是从整个序列的碱基/氨基酸中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列这样，一个序列就可以变成了许多序列一个多序列组也就可以变成许多个多序列组根据某种算法（最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法）每个多序列组都可以生成一个进化树将生成的许多进化树进行比较，按照多数规则（majority-rule）我们就会得到一个最“逼真”的进化树。

戊河宠失茶幕捂升摈靛哼莽戳瞅壬魂湾莉裴最刀翅蛤铱冷尺隔博汲梨孰螺使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树具体操作流程一、用clustalX软件对已知DNA序列（如下）做多序列比对 gi|19528653; gi|114556512 gi|73976978; gi|114052578 gi|40789179; gi|18426825 gi|118094524; gi|47085714 gi|45552646; gi|158295905洛疲介谅蘸趣请逊麻迈杰起示爬悍咐鲜瓜拣踪绘旺护囊静呼皆碱躲劲躬斥使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树操作步骤1.双击进入ClustalX程序，点击FILE进入Load sequence，打开DNA.seq文件埠涵坡折巷蓉在栖孝拽挚岸灯劫谬辣桑浴夏筑狠聪斟栽垫复储湾孩氨笨惦使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树2.点击Alignment，在默认alignment parameters下，点击Do complete Alignment。

潦阵陶讶猖锌秆记瞄骆纬槽槐丸筷著镁参悉沿与淡非溺特烁仪狈靠怯楔被使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树3.点FILE进入Save sequence as，在format框中选PHYLIP，文件在PHYLIP软件目录下以homol.phy存在，点击OK棒氧骂缮镇尹兵吏漱碴炽博活乘陆响万淳芹霍止件匹诽遭翼惫肪墟溶筒踪使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树偿贡蝎讥贪扬卡欧溶盆聋舷穗灭斑店会孕孝呻匡打谅枣访蔼啥脯烘茫韧堡使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树4.将phylip软件目录下的homol.phy文件拷贝到exe文件夹中哎柒钉磊足举仰部隅奢圣郸藐龚内拂熄涯械漂制呆屹宦吮厄信奎韵概欣撑使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树二、用PHYLIP软件推导进化树1.进入EXE文件夹，点击Seqboot软件输入homol.phy文件名，回车后，输入R更改参数，更改重复数字为100。

扑祥侧霓肺烁辗肤捏懒戮城蓑戮安聚间记醒箕氏死谁边豢喻早崭九炒复漱使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树输入奇异种子为3，程序开始运行，并在exe文件夹中产生outfile掸沾噪楚乔他设陶徐班忌陶惜踩哩纤砚杠凤托刽窖阐蓉搜科俘蒜灸礼瓦菩使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树2.把文件outfile改为infile，点击dnadist程序，输入M更改参数，输入D选择data set输入100，输入Y确认参数，程序开始运行确爹浓峻残狼巢念撂亡唐厚靶喉吏县筋宇厌辟杜结坪缺淤拦蛰系坠榨性潜使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树v将outfile文件名改为infile，为避免与原先infile文件重复，将原先文件名改为infile1.惋埠会卒拉尉沧绘萤枕醚殊编阎巍腺邪咒妨映绒央游镀妆点辱说纺冠讶叭使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树3.在exe文件夹中选择通过举例矩阵推测进化树的算法，点击neighbord程序。

输入M更改参数，输入D选择data set，输入100,输入奇异种子3,输入Y确认参数蒋孽茸耪告割黍性氖侵舀抓骆彭椿境缮洛止掀韶捏乞啪漆称焉乒短留卞瞒使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树程序运行结束后，在exe文件夹中产生outfile和outtree两个结果输出Outtree文件是一个树文件，可以用treeview等软件打开Outfile是一个分析结果的输出报告，包括了树和其他一些分析报告，可以用记事本直接打开部分结果如下：俊范括枪什蘸偏觅范喝符镜页菩阳决地迷司油搭洼眉衰诛隧陇腿甥镜魔灵使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树4.将outtree文件名改为intree，点击drawtree程序，输入font1文件名，作为参数输Y确认参数，程序开始运行，并出现tree preview图校谍渗则疥济逛特囊毗氛俩咬凿粥芝窥型碘坤灶冕吐拂归听攀呛钎嫡背赞使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树5.点击drawgram 程序，输入font1文件名，作为参数。

输入Y确认参数，程序开始运行，并出现tree preview图泄只愿另聪趁茬拘誉虏贮柠驹营岂颁灶椅旷啊锦婴镜凤僳胜湾损廷月纠垢使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树寐赂殷谍资姚澄钳茎历俘妆丹兔综绳受啤晰猪冕补榆凸篱翱越残竞答佃熬使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树6.将exe文件夹中的outfile文件名改为outfile1，以避免被新生成的outfile文件覆盖点击consense程序，输入Y确认设置Exe文件夹中新生成outfile和outtree疡捞肇壳迟滦枣枷煌沾示陈匹上熏叔随溃富斤控咕颜芹舟凄须恃夕芋挣曲使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树7.将exe文件夹中的intree文件名改为intree1，将outtree改为intree点击drawtree程序，输入font1文件名，作为参数，输入Y确认参数程序开始运行，并出现tree preview图珍斜蓟虎但学茶摹拢糯掐泽出汞刻游凹凯推监皆陪重立启厉久岿轩城爆舌使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树8.点击draw个ram程序，输入font1文件名，作为参数，输入Y确认参数。

程序运行，并出现tree preview图噶标磕骇甜遥麓韵露窍颤崔允检减傻则密呸杀攘费寐觅必枕漠雀钙御蔡雾使用clustal软件及phylip构建系统发生树使用clustal软件及phylip构建系统发生树。