包头蒙古族Y染色体的遗传多态性研究.doc

1包头蒙古族 Y 染色体的遗传多态性研究【摘要】 目的 调查包头蒙古族 Y 染色体上 10 个 STR 基因座及单倍型的遗传多态性方法 应用 PCR、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染显色分型技术，检测 99例无关系蒙古族男性血样结果 在DYS392、DYS438、DYS439、DYS456、DYS459、DYS460、DYS461、DYS462、DYS389Ⅰ、DYS389Ⅱ10 个基因座中共检出 43 个等位基因,各基因座 DP 值分布在0.458(DYS462)至 0.727(DYS389Ⅰ、DYS389Ⅱ)之间，除了 DYS462(0.458)以外，其余基因座 DP 值均大于 0.5由 10 个基因座组成的 YH 系统单倍型有 98 种，DP值为 0.98结论 上述 10 个 Y STR 基因座的单倍型具有较高的遗传多态性 【关键词】 Y 染色体；短串联重复；遗传多态性；单倍型Genetic polymorphism of Y chromosome STR in Mongolia Ethnic Group of Baotou CityABSTRACT: Objective To study the genetic polymorphism of 10 Y chromosome STR loci by the allelic frequencies and haplotype frequencies in a Mongolia population sample of Baotou city. Methods We used PCR and polyacrylamidedel electrophoresis (PAGE) following silver staining to analyze the blood sample from the 99 unrelated Mongolia male individuals. Results The allele diversity values for each locus ranged from 0.458 (DYS462) to 0.727(DYS389Ⅰ, DYS389Ⅱ) and gene diversity was above 0.5 except DYS462 (0.458) in DYS392, DYS438, DYS439, DYS456, DYS459, DYS460, DYS461, DYS462, DYS389Ⅰ and DYS389Ⅱ loci. Furthermore, 98 haplotypes were found from 10 loci and haplotype diversity was 0.98. Conclusion The haplotypes of the 10 Y STR loci have the higher genetic polymorphism.KEY WORDS: Y chromosome; short tandem repeats; genetic polymorphism; haplotype人类各种遗传标记的多态性分布具有民族与地域的差别， Y 染色体的研究在2人类的起源、进化和群体划分研究中具有极其重要的意义。

本研究对蒙古族的 Y染色体上 10 个 STR(DYS392、DYS438、DYS439、DYS456、DYS459、DYS460、DYS461、DYS462、DYS389Ⅰ和 DYS389Ⅱ)基因座及其单倍型的遗传多态性进行了研究并获得了一定的资料1 材料与方法1.1 材料 采集 99 例无关系蒙古族男性血样，要求 3 代以内都是该族成员1.2 引物制备 引物参考 GenBank top strand1.3 DNA 提取 使用 Chelex 100 法快速提取 DNA[1]1.4 PCR 扩增 PCR 扩增总体系为 13μL1×5 反应缓冲液 Buffer 2.4μL，1.25μmol dNTP 2μL，5μmol 的引物各 1.2μL，Taq 酶 1u，模板 DNA 1μL，加水至 13μL使用 PE 公司的 9700 型 PCR 反应仪，94℃预变性 3min然后 94℃变性 30s，不同的退火温度，72℃延伸 35s，反应 30 个循环后72℃延伸 10min1.5 等位基因 Ladder 的制备 将具有相同基因型的纯合子 PCR 产物分别与T 载体连接，转入感受态细胞，过夜生长，提取质粒 DNA，以质粒 DNA 为模板，作 PCR 扩增，得到相应的各等位基因 Ladder。

同时用 50bp DNA Ladder 对照, 并以测序结果按重复单位重复次数命名等位基因1.6 PCR 扩增产物的分型 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(T=6%，C=5%，含 8mol/L尿素，凝胶大小 20cm×18cm×0.04cm)，电极缓冲液 1×TBE，将加有 1/5 体积上样缓冲液的 PCR 扩增产物 3μL 上样，间隔上样实验室自制的 Ladder(全部进行测序确定片断大小)电泳 10W，3-4h 后停止电泳，常规银染进行显色31.7 数据统计 各基因座的等位基因频率与 10 个基因座联合的单倍型频率的计算采用直接计数法，基因多样性(GD)和单倍型多样性(HD)的计算按公式[2](n/n-1)(1-∑P2i)，Pi 为等位基因或单倍型频率，n 为样本数 2 结果2.1 等位基因频率的分布 在 10 个基因座中共检出 43 个等位基因，等位基因频率分布在 0.458(DYS462)至 0.727(DYS389Ⅰ、DYS389Ⅱ)之间，除了DYS462(0.458)以外，其余等位基因频率均大于 0.5(表 1)2.2 单倍型频率的分布 在 99 个不同的个体中，由 10 个基因座组成的 YH 系统单倍型共检出 98 种，只有一种单倍型出现两次，其余都只出现一次。

10 个基因座单倍型频率为 0.98(表 2)表 1 10 个 Y STR 基因座的遗传多态性（略）Table 1 The genetic polymorphism of 10 Y STR locin=99, DP=gene diversity表 2 10 个 Y STR 系统单倍型的遗传多态性（略）Table 2 The genetic polymorphism of haplotype in 10 Y STR loci3 讨论Y 染色体 STR 系连锁遗传，其单倍型分布具有明显的群体特异性建立不同地区人群单倍型频率分布资料对于遗传关系的分析非常必要本研究中,我们对 99 名蒙古族无关系男性个体进行了DYS392、DYS438、DYS439、DYS456、DYS459、DYS460、DYS461、DYS462、DY4S389Ⅰ和 DYS389Ⅱ共 10 个 Y 染色体 STR 基因座的遗传多态性研究在以上10 个基因座中共检出 43 个等位基因，各基因座 DP 值分布在 0.458(DYS462)至0.727(DYS389Ⅰ、DYS389Ⅱ)之间，除了 DYS462(0.458)以外，其余基因座 DP 值均大于 0.5。

由 10 个基因座组成的 YH 系统单倍型有 98 种，DP 值为 0.98说明上述 10 个 Y STR 基因座的单倍型具有较高的遗传多态性我们将蒙古族的数据与其邻近地区的民族数据进行了 t 检验，发现在DYS392，DYS389Ⅰ和 DYS389Ⅱ位点上，蒙古族与北方汉族[3 4]之间的基因多态性存在着显著性差异但是，在 DYS456 位点上，蒙古族与汉族[5]、白俄罗斯族[6]以及朝鲜族[7]之间的基因多态性存在着显著性差异参考文献】[1]Walsh PS, Metzger DA, Higuchi R. Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR based typing from forensic meterial [J]. Biotechniques, 1991, 10(4):506 513.[2]Nei M. Molecular evolutionary genetics [M]. New York, USA: Columbia University Press, 1987:17 30.[3]赵东，王保捷，丁梅,等. 中国汉族及日本群体 7 个 Y str 位点及单倍型的遗传多态性和群体差异 [J]. 法医学杂志, 2003, 19(8):143 148.[4]杨剑，刘雅诚，唐晖，等. 北京地区人群 Y 染色体 str 遗传多态性 [J]. 中国法医学杂志, 2002,17(6):346 347.[5]Tie J, Wang XL, Suzuki Y, et al. Characterization of eight Y STR loci and haplotypes in a Chinese Han population [J]. Legal Medicine, 2004, 6:41 46.[6]Pepinski W, Niemcunowicz Janica A, Skawronska M, et al. Y chromosome STR haplotypes in a population sample of the Byelorussian minority living in the northeastern Poland [J]. Forensic Science International, 2004, 140:117 121.5[7]Lee HY, Oh JE, Han GR, et al. Allele frequencies and haplotypes of six new Y specific STR loci in Koreans [J]. Forensic Science International, 2003, 136:89 91.。