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MaterialsStudio50培训教程2.ppt

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    • Class 1 -- Materials Studio Class 1 -- Materials Studio 快速入门教程快速入门教程 该教程将介绍教程将介绍Materials Studio Materials Studio 软件的基本功能,在这一部软件的基本功能,在这一部分,你将学到:分,你将学到:一一. . 生成生成ProjectsProjects二二. . 打开并且观察打开并且观察3D 3D 文档文档三三. . 绘制苯甲酰胺分子绘制苯甲酰胺分子四四. . 观察并且处理研究表格文档观察并且处理研究表格文档五五. . 处理分子晶体:尿素处理分子晶体:尿素六六. . 建造建造Alpha Alpha 石英晶体石英晶体七七. . 建造多甲基异丁烯酸盐建造多甲基异丁烯酸盐八八. . 保存保存Project Project 并结束并结束在d盘上建文件夹class 1:  d:\class 1绰嘎嘲琵劲袋炽肠官栓灰犀灯刮粒吝咎环炮源嘶去山扇磺铺癌谱譬糕咋屏MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 1. 建立一个新文件夹D:\ MS teach \ class1 2. 运行 Materials Studio,生成名称为My quickstart 的Project或从运行菜单中运行:所有程序\ Accelrys Materials Studio 4.4 \ Materials Studio一.生成一个Project      目的:  介绍Materials Studio 中 project 概念      模块:  Materials Visualizer在桌面双击快捷方式鞘溶鲤嫩送竣早蔑戊发曼屎糟怂来痕凸鲁刷八御我嗽薯饶宅矣淤狭豌鼎赶MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 选择此文件夹存放数据生成了名称为My Quickstart 的Project写入My quickstart     这样就产生了新的 Materials Studio project,开始了Materials Studio 运行搁贿患舵湘囱腑锹豺遥寒纬框览唤伙秃谨湖啪复浆缆哭文杉赋功皑蝗宇挛MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 3. 恢复project 的默认设置(初学者不要做此操作)       本教学过程中,每一个新的 project 都使用 Materials Studio 自动产生的template project 的设置。

      保证 My quickstart project 也一样选择 Tools \ Settings Organizer ,打开Settings Organizer 对话框1. 点击此处的Materials Studio icon,选中所有的模块和图示工具2. 单击Reset,所有的模块和图示工具都恢复Accelrys默认值3. 在此可改变模块和图示工具的设置值初学者慎用在layer builder中试试若干次操作后,已有一些参数设置由于错误等原因,要重复前面的一个过程为保存两次操作一样,需返回MS的默认设置录哮修厂接膝熊希妈砌漱纫焙圆太疗物尸铺勋蛔者砍鼓脊宅涸烟使砸亡径MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 二. 打开并且观察3D 文档目的: 介绍Materials Studio 中文档 documents 的概念模块: Materials Visualizer前提: 已生成一个Project         Materials Studio 使用了多种类型的文件,如3D Atomistic and Mesoscale、text、chart、 HTML、 study table、grid、script、 和 forcefield documents。

      在后面进行计算时,这些文件将逐个显示在projects中,反映了计算的过程 现在的教学中, 主要出现的是 3D Atomistic 类型的文件本节课包括以下内容:1.  输入一个结构 2.  调整显示方式3.  改变3D 结构的视图4.  选择对象的不同类型雌积洲垄允颧柄碉币邮毒荡按陆瓶九镐啤愿垒续割砧楞郸玫镑搽憨足矾仑MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 1. 1. 输入一个结构输入一个结构 File / Import,打开输入文件对话框 (注意,此对话框也可用工具栏上的输入按钮 打开) 选择 Examples / Documents / 3D Model / TON.msi,单击 Import 按钮zeolite Theta-1 unit cell右键旋转捕芽凯针捶煞纯焊翔断询窘疏雾秽赁蜜豌冤件碘搓活锁绣帐柞西以受揩娜MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2          这个 3D Viewer 显示通常的 zeolite Theta-1 单胞 文件 TON.xsd 是Project Explorer 中My quickstart project 的一部分。

      注意文件的扩展名已由.msi 变为 .xsd,这是3D 结构的 XML-based native Materials Studio 格式msi ?淆蜗钦姐帘井弊邦愁籽汀室翌衙类娶封准渤竟糠组勤蛹硼普袋穗嫉社厅婚MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 2.调整显示方式        在 3D Viewer 上按右键,出右键菜单,选 Display Style ,Display Style 对话框中的各选项的意义如下:Atom Atom 栏: Display Style: Display Style: Line Line:线状模型 Stick Stick:棍状模型 Ball and stick Ball and stick:球棍模型 CPK CPK:球堆砌模型 Polyhedron Polyhedron:多面体堆积模型(晶体) Atom 栏:用 Line、Stick、Ball and stick、 CPK和 Polyhedron display styles 显示zeolite Theta-1 的结构。

      最后将显示方式改为 CPK        Line                   Stick              Ball and stick              CPK             Polyhedron坡掷倾误骆断榜崭赵阎处哟按嘴瀑湃盏憾稍田赤撑谐翁幻斜典氏妈侥条简MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2  Lattice 栏:     Display style:显示单个晶胞或者原胞 Range:显示在X、Y、Z 方向上晶胞的数量 Lattice:显示晶胞边界的风格     用 None、Dashed line、Line和 Stick styles显示zeolite Theta-1 的结构 注意3D Viewer边框的变化            将显示固定在Line         None                   Dashed line                       Line                            Stick稿澎蠕扰瑶檬孜快劣谴下欢畦昔缚床镜法庶艺稳疆沟您疽直姜仇戮癸咒费MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 Lighting       * 将箭头移到右上方,关闭Lighting对话框。

      打开Display Style 对话框,在 Atom tab 中,选 Ball and stick 关闭对话框       球上的箭头指示光的照射方向将鼠标移到球上,鼠标变成手形,按左键,拖动 球,改变光的照射方向       在TON.xsd 的 3D Viewer 上单击右键,选择 Lighting 选项,该选项将指定加光情况在此选项卡内可以设定三个光源,并改变光源的照射位置(照射位置用箭头显示)蛹茶骄堤刷撩碍拙红泥均液道闪停扦诡葫剁搔肯慕输锌荐钳沸爹岭升遂娃MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 3. 3. 改变改变3D3D结构的视图结构的视图 Rotate:旋转结构视图使用三键鼠标,右键是旋转操作 Zoom:向上或者右侧拖动可以增大所选结构的视图;向下或者向左侧拖动会缩小所 选结构的视图使用三键鼠标,也可用鼠标上的滚轮进行3D结构的放大、缩小 Translation:将结构沿着不同的方向平移 对于三键鼠标来说,左键执行所选操作,右键则是旋转操作,同时按下左健和右键 则会完成缩放操作此外还可以将键盘和鼠标联用来完成上述操作。

      以下操作将改变3D结构的位置: Fit to View:根据窗口的尺寸,为3D 结构选择合适的大小 Recenter:将结构放置到窗口的中心,结构大小不变若选中一个原子,则将此原 子移到窗口的中心,整体3D结构不变 Reset View:将结构放置到窗口中原来的位置,并恢复原有大小通过选择相应的工具并在3D 结构上拖动来改变结构视图可以使用3D Viewer 工具栏上的工具来改变3D 视图3D Viewer工具栏工具栏疗闯谣断锻惑琳惹木表辽焰丝拿摧咀勿庸擒梁桐揍负抿返旅霄羹颇脑彭恳MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 4. 选择不同的对象:如原子或键3D Viewer Selection Mode 按钮        在3D View 工具栏上选择3D Viewer Selection Mode ,并通过单击原子、键来选择相应的对象单击* 按住鼠标左键,沿斜线托拽,可以选择一定区域内的所有对象,包括原子和键 单击一个键,此键的颜色改变,说明被选中 在TON 结构上单击选中的原子,此原子颜色改变,说明被选中此区域的原子和键都被选中键被选中原子被选中*  在结构中的某个原子或键上双击鼠标可以选择整个结构。

       在3D Viewer 上无TON 结构的地方单击或双击鼠标,则取消对象的选择 需要将结构保存为project的一部分时,单击3D Viewer 的       ,再按 Yes 按钮 File / Save Project ,Windows / Close All充簇寺恤诣沉连徘艳扶丁叙审说傣网烫晌鄂凤孔蘑羊剖勋腆赏京怨朱授销MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 引言       化学家不得不每天处理大量的小分子和化学中间体快速生成该类分子对于每一个分子建模环境都是非常重要的苯甲酰胺分子就是这样一种小分子,在下边我们将以该分子作为例子,进行研究工作1. 生成新的3D文档2. 设置球棍模型为默认显示方式3. 绘制分子环和原子链4. 绘制氧原子5. 编辑原子类型6.编辑键的类型7. 添加氢原子并调整分子结构8. 将分子的凯库勒将分子的凯库勒(Kekulé)式转化为共轭结构式转化为共轭结构(resonant bond representation)To monitor and adjust distances 三三. . 绘制苯甲酰胺分子绘制苯甲酰胺分子         目的:  介绍Materials Visualizer 中的绘图工具sketching tools          模块:  Materials Visualizer         前提:  已生成一个ProjectBenzamide(苯甲酰胺)分子爱升氓锅铝呢秒拌礁峻否级从酋张冯姓邹钢朱谊阑骤痊勾缕龟伟亚愈铝拽MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 下面建造苯甲酰胺结构:下面建造苯甲酰胺结构:1. 生成新的3D文档       在菜单上选择File / New,并且选择3D Atomistic 后单击OK。

      此时文件名称出现在左侧的Project Explorer 中,名称为3D Atomistic.xsd,在其上单击鼠标右键,选择Rename ,将名称改为my-benzamide选择 File / Save 或单击工具栏上的 Save button        这样就在my quickstart project中建立了新的 my_benzamide.xsd 3D文件朵哮峡盆恢等立毫账叔躁泞巷秧恕揭侠锤诌进抒脆柿填涤阿撕杜堕蝶缅臣MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 2. 设置球棍模型为默认显示方式         从菜单栏中选择 Modify / Default Atom Style ,打开 Default Atom Style 对话框在Display Style中中选择Ball and stick 单击 Close button        关闭 Default Atom Style 对话框         这样在本project 中,默认显示方式被设置为 ball and stick冠瑟寓抗村渤梭咎储十准研朵吵琶六伸隶腾袁剁欲更碳类烟缠鉴檄詹詹顽MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2         此时按下 ALT key ,单击鼠标左键,则出现一个具有 with resonant bonds 的芳香环(aromatic ring)。

             在绘图工具栏(Sketch toolbar) 上单击Sketch Ring 按钮        ,松开,然后鼠标移动到3D文档中这时鼠标看起来象一只铅笔,其右侧的数字表示将要绘制的环上的原子数(可以在键盘上按下数字键3-8 来改变环的大小)这里键入6,在3D Viewer上单击左键,则出现一个六边形的碳环Sketch toolbar3. 绘制分子环和原子链绘制分子环和原子链滑乞辆涡秤椎礼淮瓣像琵逾眯褐随伏爱栓鲤要岳恳炸镊彦矾荔讣跪岿辈蚜MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2         Sketch Atom 按钮      可以画任意元素的原子,默认画碳原子下面要将双碳原子侧链接到环上        在绘图工具栏(Sketch toolbar) 上单击Sketch Atom 按钮        ,松开,然后鼠标移动到环的3D文档中,这时鼠标看起来象一只“铅笔”将“铅笔”移到环的一个碳原子上,这个碳原子变蓝左键单击此碳原子,将键连接到该原子上移动“铅笔”并在3D的合适位置单击左键,设置另一个碳原子键自动加在此碳原子与环之间。

      将“铅笔”移到另一位置,双击左键,又画出一个碳原子这样就作出了连到碳环上的一个双碳原子链        另一种终止链延续的方法:在3D的某一合适位置单击左键,画出最后一个碳原子,然后 按一下键盘上的ESC 键即可化学键 自动加在新画的碳原子之间         注意,对错误操作,可用工具栏上的Undo按钮      取消劲负兜邪蔗粘嚷稳桌旺疲飘云岩脉插模而曳哇闸逛眨唆代这麦峡璃娟竞刷MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 4. 4. 绘制氧原子绘制氧原子        单击      ,则        激活在其下拉选项中,选择Oxygen将鼠标移到侧链的第一个碳原子上,这个碳原子变蓝左键单击此碳原子,将键连接到该原子上移动鼠标并在3D的合适位置双击左键,这样设置了一个氧原子,终止了链的延续 在在 3D Viewer 3D Viewer 工具栏上,单击工具栏上,单击 3D Viewer Selection Mode 3D Viewer Selection Mode 按钮按钮          如果如果 3D Viewer 3D Viewer 工具栏工具栏 没有出现,没有出现, 在在View View / Toolbars / Toolbars 中选中选 3D Viewer 3D Viewer即可。

      即可现在处于原子和键的选择模式现在处于原子和键的选择模式 (selection mode) 纱俗奉歧全霸橡隔铁姥致慧桂渺狱罐即虫姜碳莱沉叶刨姨采也埠乍嚼界臆MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 5. 5. 编辑原子类型编辑原子类型 左键单击侧链的终端碳原子,选中后此碳原子变为黄色, Sketch 工具栏中Modify Element 按钮         被激活        一般选中某个原子后,在Modify 菜单下的Modify Element 中选择Oxygen或其它原子来改变原子类型NC        点击Modify Element 按钮       右侧的箭头,在下拉选项中选择 Nitrogen,则碳原子变为氮原子       在3D Viewer的任意位置点击左键,取消原子选择颐关翁瀑弓撮壶巍俭杖灶协额懈蚊辙妓孟谤移蕴峰郴剥伎巴刑亭譬柳删羊MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2        总之,首先选择两个原子之间的键,然后在Sketch 工具栏上的Modify Bond Type 按钮来改变键的类型,同样的选项也可以在Modify 菜单下的Modify Bond Type 中找到。

             如果要选择多个原子或键,请按下Shift 后再进行选择如要取消选择,请在结构外单击鼠标左键 在3D Viewer 结构外的任意处单击左键,取消选择6. 6. 编辑键的类型编辑键的类型* 按住 SHIFT key,交替单击环上的三个键如图,这样就选中了四个键: 3个 C-C bonds 和一个 C-O bond 点击 Modify Bond Type 按钮            右侧的三角,在下拉选项中选择Double Bond 四个选中的键都成了双键 在 3D Viewer上,单击 C-O bond ,键变成黄色,表明已经选中 Modify Bond Type 按钮          同时激活匪另梁澳坝氖扫豺许帐就羊淌睁镊呜瓤跑殉皮驾梁占牢敝达酒匿茸场姜营MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 7. 7. 调整氢原子并进行整理调整氢原子并进行整理这样调整过的几何结构中,分子的键、键角和扭转角都会变得具有化学合理性可以通过程序自动加氢而不需要单独的为每个原子加上合适的氢原子 在Sketch工具栏上,单击Auto Hydrogen 按钮       ,为结构加入适当数目的氢原子。

       按下Sketch 工具栏上的Clean按钮        ,修正分子的几何结构的削芯派摆忽淬爸陨彼银绪付蓄肮丛痰瘟芒锚召畔铺混摔蔬罪郭惑特匿黎匿MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 8. 8. 将分子的凯库勒式转化为共轭结构将分子的凯库勒式转化为共轭结构* 单击Calculate 按钮则苯基环的成键显示为resonant bonding representation 单击关闭按钮        ,关闭Bond Calculation 对话框       Materials Studio的 Bond Calculation 工具很方便地进行 Kekulé 和 resonant 两种 bonding representation 之间的转换(在共轭结构和凯库勒式之间进行转化) 选择 Build /Bonds ,打开Bond Calculation 对话框 在 Bonding Scheme栏中的选项部分,确定Convert representation to 被选中,并在右侧的下拉菜单中选择Resonant (默认为 Kekule 结构) 。

       选择 Edit | Undo Calculate Bonds 或单击 Undo按钮        ,苯基环的成键恢复为Kekulé 表示resonantKekulé铬锗初狰暮拷借铡迭人祈钻壁减堑逢嘴耗尧昼胎葵琵霹尚巧鼎蹬袁商钎交MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 说明:说明:* Kekul* Kekulé é结构为早期对苯环成键的认识,但不便结构拓扑结构为早期对苯环成键的认识,但不便结构拓扑 Resonant Resonant结构结构 表示了成键电子离域,是人们对苯环结构的更实际的认识表示了成键电子离域,是人们对苯环结构的更实际的认识 * 可以用可以用 Undo Undo 按钮右侧的箭头进行多步恢复按钮右侧的箭头进行多步恢复作业作业1:指出哪门课讲到:指出哪门课讲到KekulKekulé é结构?哪门课讲到结构?哪门课讲到ResonantResonant结构?结构?糙枷闹但榜鸵沥害衬邯设声舔面肯多泰御胜璃就澜价镇阎看隙示茁宪称鸵MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 9. 9. 监控和调整原子间距离监控和调整原子间距离Measure/Change tool         在MS Studio 中,可以使用绘图工具栏(Sketch toolbar)中的 Measure/Change 工具,对任意结构中的原子间距、键角和扭转角进行监控和调整。

       移动鼠标到O原子上,O原子变蓝后,单击鼠标左键,O原子上出现十字叉丝 移动鼠标到与O原子相连的C原子上,C原子变蓝后,单击鼠标左键,这时这两个原子之间的距离会显示出来,数值为红色,单位为Ångstroms  点击Measure/Change        右侧的选择箭头,在下拉菜单中选中Distance甩辛独骏植童娇醛在禹贷游林旨弘做汪裙匈萄房黑孟诌吴涛镊冷房宰咯席MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 *     3D Viewer图上,鼠标右侧有      标识原子间距离显示为红色在分子外合适的地方,按住鼠标左键,向上移动鼠标,则 C-O 伸长长至0.999时停下点击 Clean 按钮       ,键长由0.999变回0.511       对于成键原子(或者完全不相关原子),可以通过在窗口中按住鼠标左键进行拖动来改变相互之间距离(第一个选中的原子将会被固定)角度和扭转角的操作同上拉伸拉伸* 点击 3D Viewer 上的Rotation Mode        ,旋转分子模型,从不同角度观察注意,表示C-O原子间距的的数字已由红色改变为绿色-inactive,不能拉伸键长。

      烽浪塘嚎幽呻毯佐燃耪承马悯诚谁旦弄厘残秩僚乾慧蚌近专品测假猪宏设MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 * 可以用可以用Materials Studio窗口左侧的窗口左侧的Properties Explorer 看分子的信息看分子的信息褂黑夜要将碘钥尿硬朵顶募变捞女遁皖隅九抱大退疵晓唱渊萨却胞钱移拼MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2         说明:完成分子建模后,就可以使用View | Explorers | Properties Explore 来查看所构造分子的信息了        Properties Explore 可以自动显示所选对象的性质,包括原子、键、分子以及距离、角度和扭转角等可以在相应条目上双击鼠标左键进行改动,改变后的变化会出现在结构上        在 benzamide 分子上单击某个原子或键,选中(颜色变黄),则Properties Explorer 自动显示选中对象的性质        可以对选中对象的性质进行编辑如单击C-O键,此键变黄色在Properties Explorer中, 双击 BondType,打开Edit BondType 对话框。

      点击选择箭头,出现下拉菜单,在其中选择Double, 然后点击 OK 按钮,则单键变为双键,这是正确的         选择 File / Save 或单击工具栏上的 Save 按钮        ,这样就在my quickstart project中保存了 my_benzamide.xsd 3D文件 关闭 3D view 治蜘凌南旦群姬忿涨可辅表膏推硝糕加蜜棱趴壬找祭愈嚣杆艾最廉议豹硕MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 四四. 观察并且处理研究表格文档观察并且处理研究表格文档     目的: 介绍Materials Studio 中研究表格(study tables ) 的概念     模块: Materials Visualizer     前提: 已建立一个 project引言引言       Study tables 是Materials Studio工作流中的重要的一部分,这些文档(.sdf)都会以电子数据表的形式显示,包括了数学表达赋值和对已有化学数据的控制其中每一个单元格都可以包含字符串、3D 分子模型和图表       这一部分告诉使用者如何打开 study table,输入分子结构,计算输入分子的一些基本性质。

      内容内容 1. 打开一个新的研究表格文档 2. 将分子模型输入到研究表格中 3. 在研究表格中观察分子结构 4. 从Project Explorer 中插入分子模型       5.  研究表格支持的其它文件格式 6. 基本描述符的计算 7. 处理研究表格中的数据喻珠普狗谣央敌聂想闰髓顺袍泛验恍豌善楷慷它屈淮往牲锥蔑努圭根奎扩MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 1. 打开一个新的研究表格文档         从File 菜单中选择New,单击New打开 New Document 对话框, 选择 Study Table, 单击 OK 按钮        或者在常规工具栏上选择New,甚至可以在Project 对话框上单击右键选择New出现出现新建的study table 文件以电子数据表的形式, 显示在 Study Table Viewer上下面介绍如何在表中插入分子慰采要霓琅朵躲粤臃瑞夕棒堆钝陨唁菩更到灿吕雪暑钟殷伯菊尖及毫阵锡MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 2. 将分子模型输入到研究表格中      从Edit 菜单中选择Insert From ,单击Insert From,打开Insert Into Active Document对话框。

      双击Structures,显示出不同类型的物质在origanics上双击,打开有机物文件夹,按住shift,左键点击所有.msi 文件,都选中然后单击Insert 按钮,将选中的有机分子插入到study table中1. Edit / Insert From2.单击Insert From,双击Structures3.双击origanics5.按住shift,左键点击所有.msi 文件,全选4. 显示有机物潘多螟纲订渴棍噶欺希裤峻芬庶变秦丘诺驶摈怂赘夫屡征峡村蕊嘲名憾剖MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 3. 在研究表格中观察分子结构       表格的列A 中包括了分子的名称和3D 结构文件图标,可以通过简单的双击该图标观察分子结构双击包含135benz的单元格,出现135benz的结构双击双击秒遗尽思邱谨酮锌埠鲍展抿广滴楔伤右闻哀傍瓜透酷逮井印匪姆箭颠映眯MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2        可以操纵该3D结构,例如编辑、缩放、平移、旋转等       将苯环上的一个H原子改为甲基。

      左键单击三个H原子中的一个,颜色变黄,表示已选中点击Modify Element 按钮          的选择箭头,下拉菜单中有不同的元素,选择C,这样苯环上的H原子就变成了C原子H原子就变成了C原子单击 Adjust Hydrogen 按钮     ,将3个H原子加到新的C上;单击Clean按钮     ,初调结构单击 Commit Edit To Study Table按钮      ,然后用       关闭 Study Table Detail View 隔背饺件邯宜亩谜钱缔份荷庇玻粤菠锥毕树束仰桐铅台呢叉诧甲蓉峨炯馋MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 4. 从Project Explorer 中插入分子模型      分子模型建好后,可以将其插入到研究表格中如将前面作好的my-benzamide分子插入研究表格,过程如下:       在Project Explorer 中单击研究表格,使其成为当前文档,然后在要插入的my-benzamide文件名上单击右键,选择Insert Into则建好的分子结构插入到表格的最后一行中。

      在研究表格中双击my-benzamide,则出现其3D结构憋潞俘葬贸泻颖尹旋睦豢职账姚万怯佯辩仁友伺后哎耸统琢湘蠕壹界答遮MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 6. 基本描述符的计算       研究表格的顶头一行,包含了列标A、B等单元格,被称为列头第二行,包含了对该列内容的描述,例如“Structure”,被称为列描述      当计算完多个模型的性质之后,其值会出现在研究表格中      例如,在研究表格中双击                    , 则出现my-benzamide的3D结构           然后在Model 按钮       右侧的下拉选项中,单击QSAR Job…,设置见右图,用本地机计算5. 研究表格支持的其它文件格式     研究表格也支持3D 周期体系,如晶体和无定型晶胞结构;支持图表文件、轨迹文件(.xtd)文件的输入,轨迹文件的每一个桢都会放置到研究表格的一行上     注意:研究表格不支持Mesoscale 文件然隶氮灸逮甚博刁紊荚拥为缚泳钞鲤罗烘容驾匈宏冲书堤邹拍膛睦秧甫畸MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2         然后在      按钮右侧的下拉选项中,单击的Model。

      在出现的对话框中,选择Output列的Element Count;按下Ctrl 键,再选择Atom count 注意:进行Element Count 计算时默认选项为计算分子中碳原子的数量,要改变默认,可双击Element Count 条目,也可单击对话框右上角的Edit Model按钮        ,在弹出的对话框中,打开Input 部分,选择要计算的元素;类似的操作对于其他计算同样有效这里选O原子Save后,关闭此对话框请燎亚画催图贮滋诗盾躲姬阵腹邢凌技肪桓甄佛岂噬涝嚼订愚恤履铭发价MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2        如图,排列激活顺序否则Run是灰色的,处于非激活状态单击 Run 按钮, 几秒钟后出现任务完成信息,点击上面的OK,再关闭对话框132果粥厢盖啡辆堤佬逻酝嚼亦媒仰锡票霹柔络无电晕赶威贮囊仇货臣吠呀刹MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2       计算结果出现在 D、 E两列中,显示my-benzamide 分子共有16个原子,其中1个是O原子夜铣彦便雍截琅慢起蛛茫赤叔潜萍酗村鳃陶抖针身拟勉汛轧金田藩奴雕囤MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2        利用研究表格,可以同时计算A列中所有的结构。

             选择列A(单击研究表格上的A,整个列变成蓝色,表示被选中,任何时候都可以使用Esc 键取消选择)        在所有3D文件都被选中的情况下,单击QSAR Models 工具栏的Model 按钮         ,在出现的对话框中,选择Output列的Element Count;按下Ctrl 键,再选择Atom count 滦冕涡骸虽意篮耳刽搅款煤标污挨敞散尽鸽湛睁价住瘤兆腋撵管按数洼宗MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 双击Element Count 条目,也可单击对话框右上角的Edit Model按钮        ,在弹出的对话框中,打开Input 部分,选择C原子,恢复默认 (进行Element Count 计算时默认选项为计算分子中碳原子的数量)Save后,关闭此对话框单击 Run 按钮, 几秒钟后出现任务完成信息,点击上面的OK,再关闭对话框砷材辕退闸捞鸟虎津耸娥骑箱住碟羌赞状芝族讶枷黎窗蛰沈衷藐付浅跺件MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2       计算结果出现在 B、 C两列中,分别显示各个分子中的原子数和其中的碳原子数。

      如果计算前B、C列已存在,则显示结果的列顺延为D、E莲膨姚布遇晴脓粒阮参间矫洞板码全尘布父惑橇驻皱巩现橇曙虽伪宿崩雪MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 7. 7. 处理处理研究表格中的数据 左键单击B,选择列B选择Study Table Viewer 工具栏上的Filter Selection按钮 ,则只有列B被显示,其它部分都被去除此方法适合于表格内数据非常多的情形,使用此方法可以清楚地看到所需要的内容此命令对于某行来说同样有效纪识碍新懦渣碳朗煮挣腹潞闪膜泡迅啮臀常颠畏兴凿姿胃吮岿鹰芭寝乳畜MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 如果工具栏中没有           ,则用下面步骤显示Study Table Viewer 工具条 具马器均秃蝶痢仅渐杭洲抑班箩牢饼六彻罕责隅连削娶贬贾难糟恤象锣母MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 恢复filtering前的Study Table: 单击Filter Selection 按钮           右侧的 选择箭头,在下拉菜单中选择Show All ,所有的数据都恢复了。

      拱畔冤时等来稿溪菜涉段脉蹦谅浚看共榆揩贷碍哩淬猫粹小遍崇塑掠山溪MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2        选中Study Table 表的 B列, 单击 Sort Ascending 按钮         ,则数据按原子数上升的方式排列背证询铁踞踏迸芯用贯概短钞甄烧间娇宾褪果烛柿播探询珊搏愚毖这更茧MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2        选中Study Table 表的 B列, 单击 Quick Plot 按钮         ,则表中的数据以图的方式显示(.xcd文件)这就是将相关性质对行数作图峻虽紧鞘醇塘皖昆凛韵豫史疗拥脑牺乞爪君柱拼惰坑源呆褐岔铱剿机懊照MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 选中C列,如图,按右键,增加一列D陪向蚜颂她凿遇氧锣蹿急甄综王恕沾嘿贯庭捐鸽缨盈寥扰美估郝违硬入吾MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2        选中空的 D列, 单击 Define Function 按钮         ,弹出 Define Function 对话框。

      在 Expression 文本框中,写入 C/B Name 栏中,写入 Ratio在 Description 栏中,写入 Fraction of carbon单击 OK 按钮      说明,这里是自定义函数,具体过程类似于微软Excel 中的函数功能变禄睡等悸姥惑绎妇唤刨著津糟侗登按氨摊屯功棒早掺伐旨奶端我枕故弓MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2       D列是每个分子中C原子的比例选择 Window / Close All 关闭窗口保存时选Yes to All 羹茅裔郸琼蔡千柏校沫格哉敝辣给闺畜索狐毕憎题酷裔拿俺垣章厨被机艳MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 五五. . 处理分子晶体:尿素 目的: 介绍晶体建模工具 模块: Materials Visualizer 前提: 已有一个 project引言 在工业制造过程的某些阶段,医药、农药、色素、染料、专用化合物以及爆炸物等都是晶体材料对这些材料进行模拟,可以扩展我们对它们的认识,最终帮助我们控制其性质,例如溶解性、储藏期限、形态、生物药效率、颜色、抗震性、气压和密度等。

      在本练习中,我们将使用尿素作为一个简单的例子进行分子晶体材料的模拟内容 1. 1. 打开分子晶体文档 2. 2. 计算氢键 3. 3. 调整晶胞显示的范围 4. 4. 改变晶胞显示风格 5. 5. 检查urea晶体中氢键的连接苹抒卡筋祝讣荡堵啼署预意湛芽甄更钵传悲簧北铬攒隔梧普箕陀历围骸臃MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 1. 打开分子晶体文档 * File / Import,打开输入结构对话框 * Examples / Documents / 3D Model / urea.msi,单击 Import 按钮,输入 urea晶体的晶胞结构 * 注意,文件由 .msi 改为 .xsd27 65 4 31蟹抚肠荚炼墟腰暇厨乒愤帅截栓蓝罚稽尺蜡秀劲郸服淌妒挚鳞箔漂拖痉冻MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 计算完成后,氢键以蓝色的虚线显示。

      2. 计算氢键* 从菜单中选择Build / Hydrogen Bonds,该操作会打开氢键计算对话框 注意,你可以使用不同的方案和键几何参数来计算氢键,可以产生并保存自己的方案 在这里,我们将使用默认的设置,单击Calculate按钮 注意,该计算也可以在Atom and Bond 工具栏上,使用Calculate Hydrogen Bond 按钮 来进行计算 单击 ,关闭Hydrogen Bond Calculation 对话框123 4作业作业2:什:什么是氢键?么是氢键?标榴椰御雕园跑恿庸扎厚沁喳垂揽浆吟捌硼皮牛焚挑趋号泉汲粘戈睁败澎MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 3. 3. 调整晶胞显示的范围 在urea的3D viewer上单击右键,在快捷菜单中打开Display Style对话框,点击Lattice 栏,将Display 部分沿X、Y、Z 轴方向的最大晶胞数(Max)改为2.0那么现在我们就可以得到一个2x2x2 的尿素晶体了,更清楚地看到氢键 3 21年悔任膝梭赖数眨静祝谭相组疯愚宾门躇三茧窃朗襄哦痒祈尚澈鬃伸护叮MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 4. 改变晶胞显示风格     在Lattice 栏中,选择None,关闭对话框,将去除晶胞边界线。

      严毯印滥映涟新痈稽渣吹湖碱铸叫恼颗然肮斤陌帐橱淋膛木幢折瑰支采迸MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 5. 检查urea晶体中氢键的连接*单击 Reset View 按钮      ,然后使用键盘上的上、下、左、右键,按照45°为单位旋转晶胞,观测氢键网络 也可在urea3D viewer上按右键,或用       连续旋转晶胞 用     关闭 urea.xsd ,按 save保存Up key蓑紊挖梗嫂蛮活耘揪胡撞恋慢埠缓惜翟未耽荧迪耍听角凶随订肯涝珠泣兔MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 六六. 构造--石英晶体 目的: 介绍晶体建模工具 模块: Materials Visualizer 前提: 已有一个 project引言         对无机晶体材料进行建模是一个重要的领域,特别是对于有关的应用,例如多相催化剂的设计(如沸石催化剂),在石油、天然气探测中的矿物采样分析等本教案通过构造--石英晶体,介绍一些Materials Studio晶体建模的功能。

      内容 1. 1. 建立--石英晶体 2. 2. 加入硅原子和氧原子 3. 3. 对比--石英晶体结构的两种版本记墟层孤廉邢娜耐奢落钎婴豆腺爆票尉探坟姜嚼迹货住毕傣摹瞎拈庆蛰冀MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 1. 建立--石英晶体* File / New... ,在出现的对话框中,选 3D Atomistic ,然后单击 OK 按钮,打开一个新的3D Viewer  在Project Explorer 中,新的3D Viewer 是 3D Atomistic.xsd 选中 3D Atomistic.xsd,,按右键,, 选择 Rename ,键入 my_quartz_alpha ,按ENTER 完成命名162 354擒统痰互悸糠腕胃魂朴综淑盘锨坝封啊赁蛾豁抚劝稍能袄女碴鉴坐史吏遍MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 * 选择 File / Save ,这样就在my quickstart project 中建立了一个名为my_quartz_alpha.xsd 的 3D Atomistic 文档。

      在新建的my_quartz_alpha.xsd my_quartz_alpha.xsd 3D 文档中,从BuildBuild 菜单选择CrystalCrystal下的 Build Crystal... Build Crystal...,打开相关的晶体模建对话框在Space GroupSpace Group 栏中,选择 Enter GroupEnter Group,输入P3221,并且按下TabTab 键进行确认也可以从下拉菜单中选 择该空间群;如果你知道该空间群的序号,也可以直接输入该序号 在Lattice ParamentersLattice Paramenters 栏中,在相应的地方输入Alpha 石英的晶胞参数a 和 c ,a=4.910 Å Å , c=5.402 Å Å 注意,一旦选中了空间群,那么相应的晶胞参数b, α, β, 和 γ就会依据群的 限制,被自动设定 按下Build 按钮,一个空的晶胞就会出现在文档中,关闭对话框夺瑰联承苗谨蔽待寨窟挨煞诵时处烤憋柞茧扶梗士僚酉裔己媚苇猖兵流可MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 1234 56 8 79 10空晶胞劲哟帽石滞例拷暇缺既铜修绸泳凸美啥秩绵搬隘迹株午峰脊赛硕阜弟宦棱MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 2. 加入硅原子和氧原子 由于已经定义好了晶体的对称性,只需要加入一个硅原子和一个氧原子,那么根据对称操作,会产生整个晶体的相应原子。

      从Build 菜单中选择Add Atom此选项会打开Add Atom 对话框,也可以在Atom and Bond 工具栏上单击Add Atoms按钮 ,打开Add Atom 对话框       进入Options 栏,确认Test for bonds as atoms are created 被选中当该选项被选中的时候, Materials Studio 会在晶体建造过程中,自动产生相应的键 Materials Studio也有一个通用的Bond Calculation 工具,可以从Build 菜单中调用,该工具允许你选择、编辑并定义最佳的成健方案在本例中,默认值就已经足够了       仍然在Options 栏中,确认Coordinatie System 是Fractional12打开Add Atom 对话框砖警侥喧钝蕾须探钞储沾剔沛腹琶擂挖彬磊李悦除屁狼棚女古侮俱蓉墩漓MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2       进入到Atoms 栏中,从Element 下拉菜单中选择Si,并输入相应的a、b、c 数据a=0.480781, b=0.480781, c=0.0。

             Si 原子和其对称原子加入到晶胞内       1 23465哥业勿酉图醋存程巾题迅缆曳娩组事占雾共舍证历话受券毫雁蛀轿疽蒋闽MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2        同样的,我们可以加入氧原子氧原子的参数为a=0.150179,b=0.414589,c=0.116499氧原子和其对称原子加入到晶胞内,程序会自动计算并加入相关的键3214 321原子加入后检查晶体对称性,序号没变,正确若原子的分数坐标有误,对称性改变如深止腐钉碗淹翅乞仇瓶姆检苗蝎诫判揭硼事诈鹅直凋类治草郊蛊陌贤溅MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 25 4 317 63. 对比--石英晶体结构的两种版本       下面对比Materials Studio结构数据库中的Alpha石英晶体和自构造的Alpha石英晶体。

      按下列路径输入数据库中的Alpha 石英晶体, File / Import... / Examples / Documents / 3D Model / quartz_alpha.msi,单击import按钮 Project Explorer中出现quartz_alpha.xsd文档塌估翟跺告酝朵寒粟蒋厄王钉画较扑潍储贞恬亩痪腕笛德冒挡灶噶藩海库MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 * 按住Ctrl键,选中所有的O原子 在quartz_alpha.xsd的3D Viewer上单击右键,选中Display Style,将O原子的颜色改为* 同样,按住Ctrl键,选中所有的Si原子 在quartz_alpha.xsd的3D Viewer上单击右键,选中Display Style,将Si原子的颜色改为* 从Windows 菜单中选择Tile Vertically 将两个结构横向平铺转动方向,使二者取向尽可能相近,以便比较结构由右图可见,晶胞外有O原子 在my_quartz_alpha.xsd上打开Display Style ,在Lattice 栏中,从Style 下拉菜单中选择In-Cell,则晶胞外的原子都会被去除,两个结构现在都以同一格式显示。

      注意:也可以使用Build 菜单下的Crystal 的Rebuild 命令来进行锻胎雀隔游渗侨逗蚤剥扒甲讣胸芹窍炎倒定泽地晦汽闺扶肝捌髓董丫淋缓MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 * Materials Studio 提供了 3D Atomistic Collection documents ,在这样的文件中,可以显示几组原子或分子,组与组之间无作用用于晶体与晶体之间、分子与分子之间结构的比较 File / New... 打开 New Document 对话框,选中 3D Atomistic Collection ,单击 OK 按钮迎础祸错椰胰缔案并泪阔率幽常官列弧稳叶墓心肾藕尚簇喝岗谊蔬歹楔聘MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 * 在 Project Explorer中,选中 my_quartz_alpha.xsd ,单击右键,选择 Insert Into 则my_quartz_alpha.xsd 结构出现在3D Atomistic Collection.xod中 对 quartz_alpha.xsd重复此操作。

      这样my_quartz_alpha.xsd和quartz_alpha.xsd两个结构都出现在3D Atomistic Collection.xod中 在3D Atomistic Collection.xod中, 可用键盘上的上、下、左、右键转动这个重叠结构,从多个角度观察二者是否重合由下图可见,两个版本的结构一致肆船淤款寞婴弥于拓赞舰会叠纬篡龄心钩缎妊干鸳皖哗涡兜饿赃采尊驯挑MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 * 同样,将my_quartz_alpha.xsd和TON.xsd两个结构都放在3D Atomistic Collection.xod中由下图可以看出,二者结构不重合 保存文件 File / Save Project   关闭窗口 Window / Close All贪釜结路啄瞒吹挚肃临碌契弥典配耍蹋菊谴通摈硅慢起罗腐维牢瓤汝沛坦MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 七七. 建造聚甲基丙烯酸甲酯 目的: 介绍聚合物建模工具 模块: Materials Visualizer 前提: 已有一个 project引言        聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)是一种重要的商业热塑性材料,在玻璃、上光等行业有重要应用。

      生产上通常使用过氧化物(或含氮的前驱物),或者通过加热、光化学引发,通过甲基丙烯酸甲酯自由基的聚合反应,合成聚甲基丙烯酸甲酯在这个例子中,将使用MS 的聚合物建模工具来构造全同立构PMMA 的20 个基体,进而进行结构和性质的模拟和研究       注意MS Modeling 允许构造均聚物(homopolymers)、嵌段共聚物(block copolymers)、无规共聚物(random copolymers)和多分叉枝晶聚合物(dendrimers)内容 1. 1. 构造全同立构PMMA 2. 选择并且标记一个单独的重复单元 3. 研究结构倘辅哑臀樟圃诅料敖后挠鹤若蘸躯沤庚堡挝爪凿盖企妙蝇畏妙筒弟蔓滤渣MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 1. 构造全同立构PMMA* 选择Build 菜单中Build Polymers 下的Homopolymer均聚物对话框出现 在Polymerize 栏单击Library 下拉菜单,找到acrylates在Repeat Unit 下拉菜单选择methyl_methacrylate,* 现在检查Tacticity 下拉菜单。

      注意:在立构规正度(Tacticity)中包括了等规立构(Isotactic)、间规立构(Syndiotactic)和无规异构(Atactic)三种此时选择等规立构(Isoactic) 接下来在Chain Length 中输入20泄健推桃疾朱简板楷刻方信柜赢埃韧蟹冉畔澄糠占御一孺抢彩闲龙昔淖幕MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 * 在Advanced 栏中,将Torsion 设定为60现在已经在软件中设置好了参数,可以构造一个具有20个重复单元的全同PMMA 分子单击Build 就可以产生一个新的Polymethyl_methacrylate.xsd 文档,其中包括了20 元PMMA 聚合分子 按下Sketch 工具栏上的Clean 按钮       ,将获得更合理的几何结构一般地,需要更进一步的几何优化,例如使用Forcite 模块中的能量最小化功能俏专轰肤宾产狙募鬃藕禄滥陋易统猪娃唐株棒赔化撅跌撂吁卜鸭糙莎亿碉MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 2. 2. 选择并且标记一个单独的重复单元* 在3D 视窗上单击鼠标右键,出现快捷菜单,选中Select Repeat Unit methyl_methacrylate选项。

      单个的甲基异丁烯酸盐分子以黄色高亮显示 同前,首先改变结构的显示方式,将其设定为线状模型 单击PMMA 分子上的任意一个原子(需要使用Zoom 功能以方便操作),选中原子以黄色高亮显示崭搞蝎酱禽丸赘佰著岛姬挝讶搅凋摈潘脯热道脆记魔检娶幅皿膨面幽稀蹭MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 * 在Display Style 对话框的Atom 栏中,选择Ball and Stick,关闭对话框单个选中的聚甲基丙烯酸甲酯分子重复单元以球棍模型显示 保持单个重复单元在选中状态,在3D Viewer的空白区域单击右键,选择Label,则标记对话框打开 在Object Type 下拉菜单中,选择Repeat Unit 在Properties 区域,选择Name 在对话框的Font 部分,将字体的大小改变为24 颜色选为Green 单击Apply 在Polymethyl_methacrylate.xsd 的3D view上双击左键,则重复单元不被选中可以看到重复单元的名称被加入到了所选单元上软赣濒霸响弟土卒匆铜拴吝粤沈喷片荣嗅验五拜掂王串维汗瑚毖驹茹寒哎MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 3. 研究结构     重复单元取消选择后,在窗口中使用平移、旋转等按钮                                  来观察结构。

           用       关闭Polymethyl_methacrylate.xsd ,单击Yes保存文件梗爱偶粤巍丹珠眨赶慈眉意苹技顶买嫂零育翘各霉晓瀑蓉描柏弃犊乒舟蜂MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 现在你已经产生了你的第一个Project 文件在Project Explorer 中单击某一个文件,该文件会在主窗口上打开可以在Windows 菜单中选择不同的排列方式,观察并比较不同的文件最后从File 菜单中选择Save Project要退出MS Modeling,请从File 菜单选择Exit目的: 说明如何保存文件并关闭 projects 模块: Materials Visualizer前提: 已有一个 project藕礼蕉刀愚刚胸宰体酥沏靴盼胖览呢完萄倾耗鹿夷俊底例欧折额谅今讨姓MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 八八. 保存Project 并结束      现在你已经产生了你的第一个Project 文件1. 保存Project       在Project Explorer 中逐个双击以下文件:my_benzamide.xsd、urea.xsd、 my_quartz_alpha.xsd、 Polymethyl_methacrylate.xsd,这些文件会在主窗口上打开。

      选择 Window / Tile Horizontally ,四个文件的3D views在主窗口中平铺开选择 File / Save Project         这样 project 的设置和全部文件都保存在 my quickstart中现在可以去产生新的 project,或调用 已有的 project ,也可退出 Materials Studio2. 要退出MS Modeling,请从File 菜单选择Exit帝癣遗住陆唇烟室晋渡瞎色甚撤壳梭辆硅冬蹋仔屋鸟作遂溺琅昔咒魁艰搔MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 给原子加标记1. 选中一个原子2. 在3D viewer上按右键,选择label,打开对话框在Custom text中输入原子的名称Al,在Color中可改变Al的颜色按Apply,如图,Al出现在选中的原子上确乙辊镜含凉谩汝垣抛峪楼评纤弯谭糟昂资碗两眉窒葵蹿渤弗夺享瞩歹靡MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 3. 再选中一个原子,在Custom text中输入原子的名称O,按Apply,如图,O出现在选中的原子上。

      4. 关闭label对话框,原子已标记好莱娟卓鲜剧地涟肠诊浆恃榜爬帽蔑嗽宣予第骤雄烟宰冠眺止泼郁缎罐亿忠MaterialsStudio50培训教程2MaterialsStudio50培训教程2 。

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