第一章DNA超螺旋、基因组与染色体幻灯片资料.ppt

2-1 DNA超螺旋与拓扑异构现象 第二章 DNA、染色体与基因组Superhelix of SV40 DNA (Vinograd, 1965)一、 DNA超螺旋（superhelix or supercoil）DNA超螺旋结构Linear DNA. LOpen Circle DNA OC relexed formSupercoiled circle(高级结构)Covalent Closed Circle CCC指双螺旋环状分子再度螺旋化即成为超螺旋结构二、 DNA超螺旋的方向性松弛（relaxed）状态： DNA在水溶液中, 构型偏B型状态DNA以10.5 bp/helix为最稳定构型正超螺旋：小于10.5bp/helix，则其二级结构处于紧缩状态，由此产生的超螺旋为正超螺旋 负超螺旋：大于10.5bp/helix，则其二级结构处于松缠状态，由此产生的超螺旋为负超螺旋 由此可见，超螺旋总是要向着抵消初级螺旋改变的方向发展；双螺旋DNA的松开导致形成负超螺旋；而DNA的拧紧，则导致形成正超螺旋；所有的超螺旋都比松弛型含有更多的自由能 拓扑学(topology)是研究几何图形在平面位置关系不变情况下空间结构变化规律的数学分支。

三、DNA超螺旋拓扑学定义实验证明，细胞内的DNA存在拓扑异构现象(topoisome)，即在保持DNA一级和二级结构不变的情况下，两条单链可以相互缠绕，形成不同的空间构型超螺旋发生的规律Vinograd. J (1968)Vinograd equationL = T + W ( = + )L Linking number ( 双链DNA的交叉数)T Twisting number (双链DNA的缠绕数，初级螺旋圈数，即DNA分子中的Watson-Crick螺旋周数，其数值可直接在处于最稳定状态下的双链环形（或超螺旋形式）DNA中的实际螺旋周数计数得到，不一定是整数)W Writhing number (直观上为双螺旋数, 可为小数)W= 负值（negative superhelix）W = 正值 ( positive superhelix） Non-breaking Non-unwinding Non-overwindingL为定值，整数l B-DNA是力学上稳定的结构（ 10 bp/ helix）l 虽交叉数减少，但需转换为一种应力，以维持10bp/helix的螺旋数，l 应力的重新分配 或在B-DNA状态中保留一单链区或螺旋力将维持B-DNA的右旋结构, 形成超螺旋 420bpL=42T=42W=0无应力松弛状态应力的分配L = 36T = 36W = 0L = 36T = 42W = -6 链松弛后再结成环链未松弛再结成环松开6圈螺旋L = 62比连系差（Specific linking difference） = Lk Lk0 = Lk- Lk0 Lk0 能够根据DNA分子Lk的改变描述螺旋不足（超螺旋），也叫超螺旋密度（superhelix density）。

DNA分子形成超螺旋的生物学意义：1 超螺旋DNA具有更紧密地形状，因此在DNA组装中具有重要作用；2 DNA的结构具有动态性，DNA超螺旋程度的改变介导了这种结构的变化，这有利于其功能的发挥3 DNA是一种热力学上的稳定结构，超螺旋的引入提高了他的能量水平拓扑异构体(topoisomer)：具有不同连接数的同一种DNA分子称为DNA拓扑异构体四、DNA拓扑异构体与拓扑异构酶拓扑异构酶(topoisomerase) 作用方式：拓扑异构酶与DNA共价结合形成中间体，使磷酸二酯链暂时断裂形成切口，DNA分子的一条单链或双螺旋穿越另一条单链或双螺旋，改变其拓扑状态，但一级和二级结构并无变化即在保持DNA一级和二级结构不变的情况下，两条单链可以相互缠绕，形成不同的空间构型拓扑异构酶(topoisomerase) 细胞内存在着一类能催化DNA拓扑异构体相互转化的酶，称为拓扑异构酶或者说，能改变DNA拓扑联系数的酶就叫拓扑异构酶型酶在两条单链上都产生切口，每次作用使连接数改变2在型酶的作用是增加负超螺旋数，或减少正超螺旋数，在真核生物中还有减少负超螺旋的作用 拓扑异构酶分为型和型两类拓扑异构酶的生物学功能 消除DNA复制和转录等过程产生的正负超螺旋。

在细胞中，型酶与型酶的活性保持一种平衡状态，型酶使DNA超螺旋化的作用为型酶使DNA松驰化的作用所抗衡，从而使DNA保持适当的超螺旋密度型酶在DNA的一条单链上产生切口，使另一条单链得以穿越，每作用一次使DNA连接数改变1；原核生物中，型酶只作用于负超螺旋DNA，减少负超螺旋数，使其松弛；在真核生物中，型酶还可以作用于正超螺旋DNA，减少正超螺旋数Top I (swivelase, niking-closing enzyme) Breakage & rejoining of S.S. DNA at phospho-diester bonds每次每次L of +1L of +1（在酶的作用下，DNA单链断裂）松弛B-双螺旋消除负超螺旋CCC OC onlyNo ATP, NADattach Negative supercoilGet energy from Negative supercoil图3.30 型拓扑异构酶作用机理Function Mechanism of Topoisomerase ITop II (gyrase) ATP neededCutting & ligation of D. S. DNAtetramer 每次每次L of 2L of 2紧缩B-双螺旋引入负超双螺旋Cut D.S. DNAATPLigateAABBFunction Mechanism of Topoisomerase II 2-2 基因和基因组一、基因、基因组的概念二、基因组的大小与C值矛盾三、基因组的复性动力学四、重复序列五、真核与原核生物基因组比较指DNA分子所携带遗传信息总和，即指一个细胞所有基因和基因间DNA的总和，称基因组。

遗传学定义为：一个物种的单倍体的染色体的数目为该物种的基因组在真核生物中，每种生物的单倍体基因组的DNA总量是恒定的，称之为C值一、基因、基因组的概念产生一条多肽链或功能RNA所必需的全部核苷酸序列，在遗传学上也称顺反子（cistron） (二)基因组(三)C值一个单倍体基因组中DNA的总量(一)基因霉菌藻类G+细菌G-细菌显花植物鸟类哺乳类爬行类两栖类硬骨鱼类软骨鱼类赖皮类甲壳类昆虫类软体动物蠕虫类真菌枝原体C value paradoxof nucleotide A 生物体进化程度高低与C值的相关性不强 B 亲缘关系相近的生物C值相差较大 低等生物单倍体基因组DNA的含量与生物复杂性呈正相关，但高等生物这种关系并不一致真核生物 DNA 染色体数 （2C） （2N）两栖鲵 168.0 pg 24肺鱼 100 38蝾螈 85.3 24警蛙 28.2 24牛 6.4 60人 6.4 46绵羊 5.7 54果蝇 0.2 8贝母 196.7 24豌豆 28 12玉米 11 20原核生物 DNA （C）Salmonella 0.0143 pg(沙门氏菌)E.coli 0.0040T2 0.00022 0.0000055174 0.000005这种形态学的复杂程度与C值大小的不一致称为C值矛盾。

三、基因组的复性动力学 Hydroxyapatite column 羟基磷灰石柱Low C of PHigh C of Prelease D.S. DNA absorb D.S. DNA复性发生的过程的讨论dCt / dt = -KC2 反应初始 t = 0 单链DNA的随机碰撞 过程（ randomly collision ）（二级反应动力学）单链 DNA浓度 = C0反应达 t 时单链DNA浓度 = Ct 两条部分同源(小于20dNt)的S.S. DNA, 在复性过程中形成的部分双链区是不稳定的 dCt / dt = -KCt2 积分 Ct / C0 = 1 / 1+KC0t 当 Ct / C0 = 1/2 时Ct / C0 = 1/2 = 1 / 1+ KC0t(1/2)K = 1 / Cot(1/2)Cot(1/2) = 1/K (mol. Sec / L) 任一DNA分子达到Ct / C0 = 的速率是定值0101C0t(1/2) C0t(1/2) Fraction reassociated在控制反应条件相同的前提下, 两种DNA分子的C0t(1/2)值,取决于dNt 的排列复杂性 。

AAAAAAAA K. C. = 1 C0t(1/2) = 210-6ATCGATCGATCG K.C. = 4 K.C. = 5 105 C0t(1/2) = 1( 复性动力学的复杂性，Kinetic complexity，K.C )Eukaryotic genomes have several sequence components变性程度 部分变性的DNA可直接通过拉链作用迅速复性，而完全变性的DNA一般需要几个小时才能复性 除温度、离子强度、pH等变性条件外，影响复性的因素有：DNA的浓度 浓度越大有效碰撞的频率越高DNA分子大小 越小的分子复性越快DNA复杂性(complexity) 指最长的没有重复序列的核苷酸对数之和ATATATATATAT的复杂性为2；ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC的复杂性为4；ATGCATGCCTCAGTATGCATGCATGC的复杂性为10；ATGCTGACGTAGCA的复杂性为14序列复杂的DNA更容易发生非对应配对，所以复杂性越高的DNA复性越困难3.高度重复序列（Highly repetitive sequence）四、重复序列1.单一序列（Unique sequence） 主要是蛋白质编码基因。

2.中度重复序列（Moderately repetitive sequence）包括rRNA、tRNA、组蛋白的编码基因研究较多的是Alu家族长度不到10bp，多是串联集中分布，一般不转录有些AT含量很高的高度重复序列，在离心时常会在主要的DNA带的上面有一个次要的DNA带相伴随，这就是所谓的“卫星DNA” 着丝点（centromere）功能必需的DNA序列约130bp长，并富含A=T碱基对；在着丝点附近，还有高度重复的卫星DNA 端粒（telomere）顺序长约100bp，起到稳定染色体的作用是由： 5(Tx Gy)n x约为14 3(Ax Cy)n y约为184. 反向重复序列（Inverted repetitive sequence） 又称回文序列（Palindrome）,易形成发夹结构，在DNA双链中可能形成十字形结构 CATGAACGTCCTATTGTCGGACGTTCTGA GTACTTGCAGGATAACAGCCTGCAAGACT基因家族：真核生物基因组中有许多来源相同、结构相似、功能相关的基因，这样一组基因称为基因家族4）有些可以编码蛋白质，在某些基因的转录中作为调控成分。

五. 断裂基因（split gene）也叫不连续基因，指在真核生物中，大多数编码蛋白质的基因是不连续的，即基因的编码序列之间插入了不编码的序列，称为断裂基因内含子的意义：（1）可能是遗传的残留物2）Walter Gilbert假说：是使蛋白质进化过程的残迹3）可以保护基因家族中基因的完整性五、真核与原核生物基因组比较（ P78 ） 作为总结性的问题，课后总结同时掌握断裂基因、假基因、内含子、外显子的概念2-3染色体2-3染色体一、组成1. 核小体（nucleosome）：染色质是由重复单位构成的，每个重复单位由约200bp的DNA和H2A、H2B、H3、H4各两分子组成，这个重复单位叫核小体2. 组蛋白（histone）五种： H1、H2A、H2B、H3、H4。