sequin软件序列提交.ppt

Genebank序列提交leolvcxm99Leo924.student@序列提交•序列提交目的是为了获得Genebank登录号，一般的文章都需要并且非常重要•序列提交首先要使用软件sequin进行编辑•其次将编辑好的序列用邮件发送至Genebank编辑邮箱，一星期左右就会得到序列登录号序列编辑•首先将确定分类的序列进行编辑，可以将同类（同门）菌株放入同一个文件夹•格式：建立一个*.TXT的文档，里面键入的格式如图>B1-14 [organism=Uncultured bacterium][clone=B1-14][isolation_source=glaicer foreland soil][country=China]序列另起一行顶格输入序列另起一行顶格输入此处如果是纯培养菌株就写此处如果是纯培养菌株就写[strain=B1-14]此处一定要写，否则编此处一定要写，否则编辑会专门发邮件向你要辑会专门发邮件向你要这些信息这些信息Uncultured bacterium clone B1-14 ammonia monooxygenase subunit A (amoA) gene, partial cds. 此处信息根据你的基因类型可以参考此处信息根据你的基因类型可以参考BLAST里面信息写里面信息写Sequin序列编辑选择所提交的数据库选择所提交的数据库开始提交开始提交输入一个名字，名字可以是你未来要发表文章的名字或者也可以填写输入一个名字，名字可以是你未来要发表文章的名字或者也可以填写Direct submission。

输入名字，邮件等，此步很重要！输入名字，邮件等，此步很重要！也可以根据自己的序列情况来选择，对于绝大多数搞也可以根据自己的序列情况来选择，对于绝大多数搞环境微生物的基本是用免培养法做的那么直接就选择环境微生物的基本是用免培养法做的那么直接就选择Uncultured samples这一项也可以这一项也可以选择这个项出现的就是本选择这个项出现的就是本PPT第第12页的内容页的内容.注：注：12页之后的内容是老版页之后的内容是老版本的操作方法都可以使用本的操作方法都可以使用这是选择这是选择Uncultured sample项出现的项出现的内容内容选择导入核酸序列，这个就是本选择导入核酸序列，这个就是本PPT第第4页说页说述格式之后选择右上角的测序方法，选择述格式之后选择右上角的测序方法，选择相应的方法（如一般测序就是相应的方法（如一般测序就是sanger,高通量高通量有有454，等）就，等）就OK了点击NEXT这里你可以根据自己需要自由选择这里你可以根据自己需要自由选择无需选择，直接点击无需选择，直接点击NEXT勾选相应的你使用的引物类型，之勾选相应的你使用的引物类型，之后点击后点击NEXT。

一般功能基因都是一般功能基因都是CDS，核糖体基，核糖体基因因rRNA, 或者或者ITS，视自己情况选择视自己情况选择填写编码基因的名字填写编码基因的名字注：本人做的是功能基因所以是编码蛋白的所以选择的是CDS 后出现的界面如果基因前后端都不完整就选择这两项如果基因前后端都不完整就选择这两项填写好后点击填写好后点击NEXT后出现这个界面后出现这个界面选择第一个项目用来查看你提交的序选择第一个项目用来查看你提交的序列有无问题列有无问题之后出现这个界面，具体操作参考本之后出现这个界面，具体操作参考本PPT 第第15页之后内容页之后内容若每次只提交一个序列可以选择这个选项若每次只提交一个序列可以选择这个选项此处为此处为批量提批量提交交此处导入序列此处导入序列此处可以忽略此处可以忽略此处必须进行修订，双击此处必须进行修订，双击点击进行修订点击进行修订出现错误基本是此处缺失序列的具体分类信息，点击出现错误基本是此处缺失序列的具体分类信息，点击lineage添加完分类信息后点击此处添加完分类信息后点击此处若无任何问题按上述地址发邮件若无任何问题按上述地址发邮件谢 谢祝各位提交顺利。