物理系分子模拟研究生课程简介.docx

物理系分子模拟研究生课程简介课程名称：分子模拟英义名称：Molecular Modeling课程类型：，讲授课程 口实践（实验、实习）课程口研讨课程 □专题讲座 口其它考核方式：考试教学方式：讲授适用专业：理论物理适用层次：硕士，博士，开课学期：秋总学时/讲授学时：48 /48学分：3先修课程要求：课程组教师姓名职称专业年龄学术专长肖奕教授理论物理47生物物理陈长军讲师理论物理29生物物理教学大纲（章节目录）：目的和要求：分子模拟课程主要介绍利用计算机进行分子模拟的基本原理和 方法通过学习使学生能够进行基本的分子模拟研究，为学生从事计算机分子模 拟奠定基础本课程要求学生已具有本科物理专业基础第一章 量子化学计算（8学时）第1节 多电子原子和分子体系第2节分子轨道理论第3节从头量子力学计算第4节半经验方法第三章分子力场（8学时）第1节分子力场函数的一般特征第2节健长、键角、二面角作用势第3节静电相互作用第4节范得瓦耳斯作用第5节极化作用第6节力场参数的选取第三章能量优化（4学时）第1节 非求导优化方法第2节一阶导优化方法第3节二阶导优化方法第4节各类优化方法比较第5节优化方法的应用第五章计算机模拟方法（8学时）第1节热力学变量第2节相空间第3节边界处理第4节势函数的截断第5节误差分析第六章分子动力学模拟方法（8学时）第1节 设定模拟系统环境第2节约束动力学第3节常温常压下的动力学模拟第4节溶剂动力学第5节数据统计第七章蒙特卡洛模拟方法（8学时）第1节 重要性采样理论第2节 Metropolis方法第3节蒙特卡洛分子动力学模拟第4节各种系统条件下的蒙特卡洛采样第5节化学势计算第八章 构象分析（4学时）第1节系统搜索法第2节模建搜索法第3节随机搜索法第4节距离几何法第5节模拟退火法第6节空间降维法 教材:自编讲义主要参考书：Andrew R. Leach, Molecular Modeling, Addison Wesley Longman (2002).。