蛋白质化学师大.ppt

第一章第一章 蛋白质化学蛋白质化学      蛋白质的生物学意义      蛋白质的元素组成蛋白质的氨基酸组成肽蛋白质的结构蛋白质分子结构与功能的关系蛋白质的性质蛋白质的分类提要蛋白质  是由许多不同的α-氨基酸按一定的序列通过酰胺键（肽键）缩合而成的，具有较稳定的构象并具有一定生物功能的大分子一、蛋白质的生物学意义1. 生物体的组成成分2. 酶3. 运输4. 运动5. 抗体6. 干扰素7. 遗传信息的控制8. 细胞膜的通透性9. 高等动物的记忆、识别机构二、蛋白质的元素组成二、蛋白质的元素组成C（50~55%）、H（6~8%）、O（20~23%）、N（15~18%）、 S（0~4%）、…N的含量平均为16%——凯氏（Kjadehl）定氮法的理论基础三、蛋白质的氨基酸组成三、蛋白质的氨基酸组成氨基酸氨基酸  是蛋白质的基本组成单位从细菌到人类，所有蛋白质都由20种标准氨基酸（20 standard amino acids)组成一）氨基酸的结构通式：19种氨基酸具有一级氨基（-NH3+）和羧基（-COOH）结合到α碳原子（Cα），同时结合到（Cα）上的是H原子和各种侧链（R）；Pro具有二级氨基（α-亚氨基酸）不带电形式  H2N—Cα—HCOOHR  +H3N—Cα—HCOO-R两性离子形式Cα如是不对称C（除Gly），则：1.具有两种立体异构体 [D-型和L-型]2.2. 具有旋光性 [左旋（-）或右旋（+）]（二）氨基酸的分类1.根据根据R的化学结构的化学结构2.（1）脂肪族氨基酸：1）疏水性：Gly、Ala、Val、Leu、Ile、Met、Cys；2）极性：Arg、Lys、Asp、Glu、Asn、Gln、Ser、Thr3.（2）芳香族氨基酸：Phe、Tyr4.（3）杂环氨基酸：Trp、His5.（4）杂环亚氨基酸：Pro2.根据根据R的极性的极性3.（1）极性氨基酸：1）不带电：Ser、Thr、Asn、Gln、Tyr、Cys；2）带正电：His、Lys、Arg；3）带负电：Asp、Glu4.（2）非极性氨基酸：Gly、Ala、Val、Leu、Ile、Phe、Met、Pro、Trp（三）氨基酸的重要理化性质1.一般物理性质2.              无色晶体，熔点极高（200℃以上），不同味道；水中溶解度差别较大（极性和非极性），不溶于有机溶剂。

2.两性解离和等电点3.              氨基酸在水溶液中或在晶体状态时都以离子形式存在，在同一个氨基酸分子上带有能放出质子的—NH3+正离子和能接受质子的—COO-负离子，为两性电解质3.  化学性质（1）与茚三酮的反应：Pro产生黄色物质，其它为蓝紫色在570nm（蓝紫色）或440nm（黄色）定量测定（几μg）调节氨基酸溶液的pH，使氨基酸分子上的—+NH3基和—COO-基的解离程度完全相等时，即所带净电荷为零，此时氨基酸所处溶液的pH值称为该氨基酸的等电点（pI）  H3N—CH—COOHR+在酸性溶液中的氨基酸（pH＜pI）H3N—CH—COO-R+在晶体状态或水溶液中的氨基酸（pH=pI）H2N—CH—COO-R在碱性溶液中的氨基酸（pH＞pI）（当氨基酸相互连接成蛋白质时，只有其侧链基团和末端的α-氨基，α-羧基是可以离子化的氨基酸等电点的确定：1）酸碱滴定（滴定曲线）2）根据pK值（该基团在此pH一半解离）计算：等电点等于两性离子两侧pK值的算术平均数pI = ————pK1+pK22or（ pI = ————）pK2+pK32等等电电点的推点的推导导[Ala+]= [Ala±][H+]K1[Ala-]=[Ala±] K2[H+][Ala±][H+]K1[Ala±] K2[H+]=移项：根据等根据等电电点的定点的定义义:[Ala+]= [Ala-]•整理：K1 K2 [Ala±]= [Ala±] [H+] [H+]•　　　K1 K2= [H+]2•两端取对数：-lg [H+]2 =-lg K1-lg K2•　　　　∵-lg K1 = pk1     -lg K2= pk2 •　　　　∴2 （-lg [H+]）= pk1+pk2 •根据pH 的定义得：pH=lg 1/ [H+] =-lg [H+]•　　　　　　　　∴ 2 pH=pk1+pk2•　　　　　　　　pI=1/2( pk1+pk2 )•中性氨基酸：中性氨基酸：pI = (pK1 + pK2 )/2 • 酸性氨基酸：酸性氨基酸：pI = (pK1 + pKR-COO- )/2 • 碱性氨基酸：碱性氨基酸：pI = (pK2 + pKR-NH2 )/2 • pK 1指指α-羧基离解常数的负对数值；羧基离解常数的负对数值； • pK 2指指α-氨基离解常数的负对数值氨基离解常数的负对数值 •pK R指侧链指侧链R基离解常数的负对数值。

基离解常数的负对数值 （2）与甲醛的反应：氨基酸的甲醛滴定法R—CH—COO-NH3+R—CH—COO-NH2+ H+OH-中和滴定HCHOR—CH—COO-NHCH2OHHCHOR—CH—COO-N(CH2OH)2（3）与2,4-二硝基氟苯(DNFB)的反应NO2FO2N+ HN—CH—COOHRNO2O2NHN—CH—COOHR+ HF弱碱性DNP-氨基酸H2N—CH—COOH +     RNCH3CH3O=S=OCl5-二甲氨基萘磺酰氯（DNS-Cl）pH9.7 40℃NCH3CH3O=S=OHN—CH—COOH      RDNS-氨基酸取代DNFB测定蛋白质N端氨基酸，灵敏度高（4）与异硫氰酸苯酯（PITC）的反应—N=C=S   +       N—CH—COOHHHRPITC—N—C—N—CH—COOHHHRSPTC-氨基酸—N—CHRSNCCOPTH-氨基酸pH8.3无水HF重复测定多肽链N端氨基酸排列顺序，设计出“多肽顺序自动分析仪”（（5）与荧光胺反应：）与荧光胺反应：根据荧光强度测定氨基酸含量（ng级）激发波长λx=390nm，发射波长λm=475nm。

6）与）与5,5′-双硫基双硫基-双（双（2-硝基苯甲酸）反应硝基苯甲酸）反应：H2N—CHCH2SSHNO2HOOCSNO2COOHCOOH+SSNO2NO2HOOCCOOHH2N—CH—COOH  +CH2SHpH8.0硫代硝基苯甲酸硫代硝基苯甲酸测定测定Cys含量（含量（pH8.0λ412nm的摩尔消光系数的摩尔消光系数ε=13600））四、肽四、肽——一个氨基酸的α-羧基和另一个氨基酸的α-氨基脱水缩合而成的化合物         氨基酸之间脱水后形成的键称肽键（酰胺键）        当两个氨基酸通过肽键相互连接形成二肽，在一端仍然有游离的氨基和另一端有游离的羧基，每一端连接更多的氨基酸氨基酸能以肽键相互连接形成长的、不带支链的寡肽（25个氨基酸残基以下）和多肽（多于25个氨基酸残基）多肽仍然有游离的α-氨基和α-羧基肽链写法肽链写法：游离α-氨基在左，游离α-羧基在右，氨基酸之间用“-”表示肽键H2N-丝氨酸-亮氨酸-苯丙氨酸-COOHSer-Leu-Phe（S-L-F）（一）谷光甘肽（（一）谷光甘肽（GSH））H2N-CHCH2CH2CO—COOHγ-GluNHCHCO—CH2SHCysNHCH2COOHGly2GSHGSSG（二）催产素和升压素（二）催产素和升压素        均为9肽，第3位和第9位氨基酸不同。

催产素使子宫和乳腺平滑肌收缩，具有催产和促使乳腺排乳作用升压素促进血管平滑肌收缩，升高血压，减少排尿（三）促肾上腺皮质激素（（三）促肾上腺皮质激素（ACTH））          39肽，活性部位为第4~10位的7肽片段：             Met-Glu-His-Phe-Arg-Trp-Gly四）脑肽（四）脑肽脑啡肽具有强烈的镇痛作用（强于吗啡），不上瘾Met-脑啡肽  Tyr-Gly-Gly-Phe-MetLeu-脑啡肽  Tyr-Gly-Gly-Phe-Leuβ-内啡肽（31肽）具有较强的吗啡样活性与镇痛作用（五）胆囊收缩素（五）胆囊收缩素（六）胰高血糖素（六）胰高血糖素由胰岛α-细胞分泌（β-细胞分泌胰岛素），29肽胰高血糖素调节 维持血糖浓度五、五、 蛋白质的结构蛋白质的结构         蛋白质是氨基酸以肽键相互连接的线性序列在蛋白质中，多肽链折叠形成特殊的形状（构象）（conformation）在结构中，这种构象是原子的三维排列，由氨基酸序列决定蛋白质有四种结构层次：一级结构（primary），二级结构（secondary），三级结构（tertiary）和四级结构（quaternary）（不总是有）。

一）蛋白质的一级结构（化学结构）（一）蛋白质的一级结构（化学结构）一级结构就是蛋白质分子中氨基酸残基的排列顺序，即氨基酸的线性序列在基因编码的蛋白质中，这种序列是由mRNA中的核苷酸序列决定的一级结构中包含的共价键（covalent bonds）主要指肽键（peptide bond）和二硫键（disulfide bond）HPhe-Val-Asn-Gln-His-Leu-Cys-Gly-Ser-His- Leu-Val- Glu- Ala- Leu- Tyr –Leu -Val-Cys-GlyGlu-Arg-Gly-Phe-Phe-Tyr-Thr-Pro-Lys-AlaOHB链157101519 20212530HGly-Ile-Val-Glu-Gln-Cys-Cys-Ala-Ser-Val-Cys-Ser-Leu-Tyr-Gln-Leu-Glu-Asn-Tyr-Cys-AsnOH15102015A链711621SSSS牛胰岛素的化学结构—S————S——一级结构确定的原则：将大化小，逐段分析，制成两套肽片段，找出重叠位点，排出肽的前后位置，最后确定蛋白质的完整序列目前往往采用从待测蛋白质的基因序列反推出蛋白质的一级结构。

二）蛋白质的空间结构（构象、高级结构）（二）蛋白质的空间结构（构象、高级结构）——蛋白质分子中所有原子在三维空间的排列分布和肽链的走向由于羰基碳-氧双键的靠拢，允许存在共振结构（resonance structure），碳与氮之间的肽键有部分双键性质，由CO-NH构成的肽单元呈现相对的刚性和平面化，肽键中的4个原子和它相邻的两个α-碳原子多处于同一个平面上Cα—C—N—CαOH—C       N—O-H+CαCα氨基的H与羰基的O几乎总是呈反式（trans）而不是顺式（cis）蛋白质构象稳定的原因：蛋白质构象稳定的原因：1）酰胺平面；2）R的影响1. 蛋白质的二级结构蛋白质的二级结构——指蛋白质多肽链本身的折叠和盘绕方式（（1））α-螺旋（螺旋（α-helix））Pauling和Corey于1965年提出结构要点：1）螺旋的每圈有3.6个氨基酸，螺旋间距离为0.54nm，每个残基沿轴旋转100°2）每个肽键的羰基氧与远在第四个氨基酸氨基上的氢形成氢键（hydrogen bond），氢键的走向平行于螺旋轴，所有肽键都能参与链内氢键的形成—C—(NH—C—CO)3      N—OHHR3.613     (ns)3)R侧链基团伸向螺旋的外侧。

RRRRRRRRR螺旋的横截面4）Pro的N上缺少H，不能形成氢键，经常出现在α-螺旋的端头，它改变多肽链的方向并终止螺旋（（2））β-折叠结构（折叠结构（β-pleated sheet））是一种肽链相当伸展的结构肽链按层排列，依靠相邻肽链上的羰基和氨基形成的氢键维持结构的稳定性肽键的平面性使多肽折叠成片，氨基酸侧链伸展在折叠片的上面和下面CαCαCαCαCαCαRRRRRRNNCNNCCC平行反平行β-折叠片中，相邻多肽链平行平行或反平行反平行（较稳定）（（3））β-转角（转角（β-turn））为了紧紧折叠成紧密的球蛋白，多肽链常常反转方向，成发夹形状一个氨基酸的羰基氧以氢键结合到相距的第四个氨基酸的氨基氢上N—1CH—CC2CHN—HO=C3CHNC—4CH—NRRHOHRROHOβ-转角经常出现在连接反平行β-折叠片的端头（（4）自由回转）自由回转没有一定规律的松散肽链结构酶的活性部位2. 超二级结构和结构域超二级结构和结构域超二级结构超二级结构是指若干相邻的二级结构中的构象单元彼此相互作用，形成有规则的，在空间上能辨认的二级结构组合体是蛋白质二级结构至三级结构层次的一种过渡态构象层次。

结构域结构域是球状蛋白质的折叠单位多肽链在超二级结构的基础上进一步绕曲折叠成紧密的近似球行的结构，具有部分生物功能对于较大的蛋白质分子或亚基，多肽链往往由两个以上结构域缔合而成三级结构3. 蛋白质的三级结构蛋白质的三级结构——指多肽链上的所有原子（包括主链和侧链）在三维空间的分布肌红蛋白4. 蛋白质的四级结构蛋白质的四级结构——多肽亚基（subunit）的空间排布和相互作用亚基间以非共价键连接血红蛋白共价键次级键化学键化学键 肽键一级结构氢键二硫键二、三、四级结构疏水键盐键范德华力三、四级结构（三）蛋白质分子中的共价键与次级键（三）蛋白质分子中的共价键与次级键肌红蛋白是1957年由John Kendrew 用X射线晶体分析法测定的有三维结构的第一个蛋白质它是典型的球形蛋白质，高度折叠成紧密结构，疏水氨基酸残基大部分埋藏在分子内部，极性残基在表面肌红蛋白中有8条α-螺旋由多肽的折叠形成的疏水空隙内是血红素辅基，通过肽链上的His残基与肌红蛋白分子内部相连，它对肌红蛋白的生物活性是必需的（与O2结合）六、蛋白质分子结构与功能的关系六、蛋白质分子结构与功能的关系蛋白质分子具有多样的生物学功能，需要一定的化学结构，还需要一定的空间构象。

一）蛋白质一级结构与功能的关系（一）蛋白质一级结构与功能的关系1. 种属差异种属差异蛋白质一级结构的种属差异十分明显，但相同部分氨基酸对蛋白质的功能起决定作用根据蛋白质结构上的差异，可以断定它们在亲缘关系上的远近2.分子病分子病——蛋白质分子一级结构的氨基酸排列顺序与正常有所不同的遗传病镰状细胞贫血（镰状细胞贫血（sick-cell anemia））从患者红细胞中鉴定出特异的镰刀型或月牙型细胞β-链                 1     2      3     4    5      6     7Hb-A                Val-His-Leu-Thr-Pro-Glu-Lys…Hb-S                 Val-His-Leu-Thr-Pro-Val-Lys… Val 取代Glu含氧-HbAO2O2粘性疏水斑点含氧HbS脱氧HbS疏水位点血红蛋白分子凝集（二）蛋白质构象与功能的关系（二）蛋白质构象与功能的关系别（变）构作用：含亚基的蛋白质由于一个亚基的构象改变而引起其余亚基和整个分子构象、性质和功能发生改变的作用因别构而产生的效应称别构效应血红蛋白是别构蛋白，O2结合到一个亚基上以后，影响与其它亚基的相互作用。

肌红蛋白血红蛋白在肺部O2的压力在毛细血管中O2的压力饱和度00.5120406080100120O2压力24681012140.51.01.52.0OH-加入的当量pHpK1pIpK2（3）（2）（1）Gly的滴定曲线的滴定曲线OH-OH-+H3N—C—COOHHH（1）+H3N—C—COO-HH（2） H2N—C—COO-HH（3）Gly解离作用解离作用七、蛋白质的性质七、蛋白质的性质（一）蛋白质的相对分子量（一）蛋白质的相对分子量蛋白质相对分子量在10 000~1 000 000之间测定分子量的主要方法有渗透压法、超离心法超离心法、凝胶过滤法、聚丙烯酰胺凝胶电泳等最准确可靠的方法是超离心法超离心法（Svedberg于1940年设计）：蛋白质颗粒在25~50*104 g离心力作用下从溶液中沉降下来沉降系数（s）：单位（cm）离心场里的沉降速度  s = ————vω2x v =沉降速度（dx/dt）ω=离心机转子角速度（弧度/s） x =蛋白质界面中点与转子中心的距离（cm）沉降系数的单位常用S，1S=1×10-13（s）蛋白质分子量（M）与沉降系数（s）的关系M = ——————RTsD（1－Vρ）R——气体常数（8.314×107ergs·mol -1 ·度-1）T——绝对温度D——扩散常数（蛋白质分子量很大，离心机转速很快，则忽略不计）V——蛋白质的微分比容（m3·g-1）ρ——溶剂密度（20℃，g·ml-1） s——沉降系数（二）蛋白质的两性电离及等电点（二）蛋白质的两性电离及等电点蛋白质在其等电点偏酸溶液中带正电荷，在偏碱溶液中带负电荷，在等电点pH时为两性离子。

电泳：带电颗粒在电场中移动的现象分子大小不同的蛋白质所带净电荷密度不同，迁移率即异，在电泳时可以分开1. 自由界面电泳：蛋白质溶于缓冲液中进行电泳2.  区带电泳：将蛋白质溶液点在浸了缓冲液的支持物上进行电泳，不同组分形成带状区域1）纸上电泳：用滤纸作支持物（2）凝胶电泳：用凝胶（淀粉、琼脂糖、聚丙烯酰胺）作支持物1）圆盘电泳：玻璃管中进行的凝胶电泳 —2）平板电泳：铺有凝胶的玻板上进行的电泳等电聚焦电泳：当蛋白质在其等电点时，净电荷为零，在电场中不再移动－－－－+－－－－－5.06.07.0稳定pH梯度5.06.07.0稳定pH梯度通电++－－－－+－－－－－++－－－－+－－－－－++－－－－+－－－－－++－－－－+－－－－－（三）蛋白质的胶体性质（三）蛋白质的胶体性质布郎运动、丁道尔现象、电泳现象，不能透过半透膜，具有吸附能力蛋白质溶液稳定的原因：1）表面形成水膜（水化层）；                                            2）带相同电荷（四）蛋白质的沉淀反应（四）蛋白质的沉淀反应1.  加高浓度盐类（盐析）：加盐使蛋白质沉淀析出分段盐析：调节盐浓度，可使混合蛋白质溶液中的几种蛋白质分段析出。

血清球蛋白（50%(NH4)2SO4饱和度），清蛋白（饱和(NH4)2SO4)2.  加有机溶剂3.  加重金属盐4.  加生物碱试剂单宁酸、苦味酸、钼酸、钨酸、三氯乙酸能沉淀生物碱，称生物碱试剂（五）蛋白质的变性（五）蛋白质的变性天然蛋白质受物理或化学因素的影响，其共价键不变，但分子内部原有的高度规律性的空间排列发生变化，致使其原有性质发生部分或全部丧失，称为蛋白质的变性变性变性蛋白质主要标志是生物学功能的丧失溶解度降低，易形成沉淀析出，结晶能力丧失，分子形状改变，肽链松散，反应基团增加，易被酶消化变性蛋白质分子互相凝集为固体的现象称凝固凝固有些蛋白质的变性作用是可逆的，其变性如不超过一定限度，经适当处理后，可重新变为天然蛋白质反应名称反应名称试试 剂剂颜色颜色反应有关基团反应有关基团有有此此反反应应的的蛋蛋白白质质或或氨氨基酸基酸双缩脲反应NaOH、CuSO2紫色或粉红色二个以上肽键所有蛋白质米伦反应HgNO3、Hg(NO3)2及 HNO3混合物红色 Tyr黄色反应浓HNO3及NH3黄色、橘色 Tyr、Phe乙醛酸反应(Hopking-Cole反应)乙醛酸试剂及浓H2SO4紫色 Trp坂口反应(Sakaguchi反应)α-萘酚、NaClO红色胍基Arg酚试剂反应(Folin-Cioculteu反应)碱性CuSO4及磷钨酸-钼酸蓝色酚基、吲哚基Tyr茚三酮反应茚三酮蓝色自由氨基及羧基α-氨基酸 （六）蛋白质的颜色反应（六）蛋白质的颜色反应—OHN六、蛋白质的分类六、蛋白质的分类1. 蛋白质形状球状蛋白纤维状蛋白2. 分子组成   简单蛋白（按溶解度）  结合蛋白（按辅基）清蛋白球蛋白谷蛋白醇溶蛋白精蛋白组蛋白硬蛋白核蛋白糖蛋白与蛋白聚糖脂蛋白色蛋白磷蛋白（（7）成盐反应）成盐反应R—CH—COOH  +  HClNH2R—CH—COOH  NH2·HCl（（8）酰基化和烃基化反应）酰基化和烃基化反应R—CH—COOH  +  R X ′NH2R =酰基或烃基 ′R—CH—COOH  +  HX   ′NHRX =卤素（Cl、F）（（9）成酯反应）成酯反应R—CH—COOH  +  C2H5OHNH2R—CH—COOC2H5NH2  HCl气当羧基变成乙酯后，羧基的化学性质就被掩蔽了，而氨基的化学性质就突出地显示出来。

10）酰氯化反应）酰氯化反应Y—NH—CRH—COOH  +  PCl5酰化氨基酸Y—NH—CRH—COCl酰化氨基酰氯使氨基酸的羧基活化，易于另一氨基酸的氨基结合，在合成肽的工作上常用（（11）成酰胺反应）成酰胺反应H2N—CHR—COOC2H5 + HNH2体外无水H2N—CHR—CONH2 +C2H5OH氨基酸酰胺有机体内：Asp（Glu）+NH4+Asn（Gln）Asn（Gln）合成酶ATP（（12）脱羧反应）脱羧反应H2N—CHR—COOH脱羧酶CO2 + RCH2NH2胺（（13）迭氮反应）迭氮反应H2N-CHR-COOHYHN-CHR-COOH酰化氨基酸YHN-CHR-COOCH3酰化氨基酸甲酯NH2NH2（-CH3OH）YHN—CHR—CO—NH—NH2酰化氨基酸的肼衍生物HNO2YHN—CHR—CON3  +   2H2O酰化氨基酸迭氮本章较全面地介绍了蛋白质化学的基本知识，重点阐述了氨基酸和蛋白质的结构、性质和功能间的依存关系在学习氨基酸的结构时应联系有机化学的羧酸结构，在学习氨基酸的化学性质时应联系氨基酸的结构，再将氨基酸的结构和特性与蛋白质的结构和特性联系起来。

认识蛋白质的重要生物学意义提要提要构成蛋白质的结构单元分子构成蛋白质的结构单元分子•2020种基本氨基酸种基本氨基酸蛋白质一级结构的测定测定多肽链的数目蛋白质测序的步骤拆分多肽链拆分多肽链断开多肽链内的二硫键断开多肽链内的二硫键测定每一肽链的氨基酸组成测定每一肽链的氨基酸组成鉴定多肽链的鉴定多肽链的N-末端和末端和C-末端末端裂解多肽链为较小的肽段裂解多肽链为较小的肽段测定各肽段的氨基酸序列测定各肽段的氨基酸序列利用重叠肽重建完整多肽链的一级结构利用重叠肽重建完整多肽链的一级结构确定二硫键的位置确定二硫键的位置蛋白质测序的重要方法N-末端测定末端测定二硝基氟苯（DNFB）法：肽游离末端NH2与DNFB反应生成DNP-肽，最后水解生成黄色DNP-氨基酸丹磺酰氯（DNS）法：用DNS取代DNFB，生成DNS-氨基酸苯异硫氰酸（PITC）法：生成PTH-氨基酸，从肽上断裂下来氨肽酶法：外切酶，但效果不好C-末端测定末端测定肼解法：测定C-末端的最重要的化学方法，肽与肼反应，除C-末端氨基酸游离外，其他氨基酸转变为氨基酸酰肼化物还原法：C-末端氨基酸用硼氢化锂还原成相应的α-氨基醇羧肽酶法：最有效、最常用羧肽酶A羧肽酶B羧肽酶C羧肽酶Y二硫键的断裂二硫键的断裂过甲酸氧化法：将二硫键氧化成磺酸基巯基化合物还原法：将二硫键还原成巯基，然后用烷基化试剂如碘乙酸保护巯基，防止其重新被氧化氨基酸组成的测定：氨基酸组成的测定：酸水解：是主要方法，多用HCl，同时辅以碱水解；所得氨基酸不消旋，但Trp全部被破坏，Ser，Thr，Tyr部分破坏，Asn和Gln的酰氨基被水解，生成Asp和Glu；多肽链的裂解多肽链的裂解酶裂解：胰蛋白酶：专一性强，断裂Lys或Arg的羧基参与形成的肽键糜蛋白酶：断裂Phe，Trp，Tyr，Leu等疏水氨基酸的羧基端肽键嗜热菌蛋白酶：专一性差，断裂Val，Leu，Phe，Tyr，Trp等氨基参与形成的肽键胃蛋白酶：在酸性条件稳定，肽键 两侧均为疏水氨基酸。

在确定二硫键位置时，常用到此酶其它酶：略化学裂解：溴化氰（CNBr）：只断裂Met的羧基形成的肽键羟氨（NH2OH）：在pH9时，专一性断裂Asn-Gly之间的肽键，其它条件下不专一肽段的氨基酸测序肽段的氨基酸测序Edman化学降解法：用Edman试剂PITC与游离氨基作用生成PTH-氨基酸，并可用各种层析技术分离；用此法降解，一次可连续测出60-70个氨基酸残基的序列；工作量大，操作麻烦；现改用蛋白质测序仪酶解法：利用氨肽酶和羧肽酶，局限性大，有困难质谱法：质谱仪由核苷酸序列推定法：mRNA        cDNA ，推出  cDNA的核苷酸序列，然后推测出蛋白质的氨基酸序列肽段在肽链中次序的确定：肽段在肽链中次序的确定：需借助重叠肽     重叠肽：由于不同的断裂方法即断裂的专一性不同，产生的切口彼此错位，使两套肽段正好跨过切口而重叠的肽段；获得重叠肽需要两种或两种以上的不同方法断裂同一多肽样品，得到两套或多套肽段二硫键位置的确定：二硫键位置的确定：一般采用胃蛋白酶水解原来的含二硫键的蛋白质一是胃蛋白酶专一低，切点多，得到含有二硫键的肽段较小，易分离鉴定；二是在酸性条件下，有利于防止二硫键发生交换反应。