华农生物信息学课件_3
23页1、第三章 关键词或词组为基础的 数据库检索生物信息学检索数据库的方法 u 用关键词或词组进行数据库检索(Text-based database searching)u 用核苷酸或蛋白质序列进行数据库检索(Sequence-based database searching)Gene nameAuthorAccession numberDatabase关键词或词组为基础的数据库检索关键词名词、描述性词、词组序列注册号 (Accession number)检索体系EntrezSequence Retrieval System (SRS)Integrated database retrieval system (DBGET)Trends in Biotechnology 1998, 16 (supplement 1):3- 5.检索须知(1)u 连接词 AND, OR, NOT(Boolean operators)rice AND enzyme (AND为缺省值,可略去)rice AND enzyme NOT kinase retrotransposon OR retroelement注意事项:
2、1、AND, OR, NOT must be entered in UPPERCASE2、Boolean operators are processed in a left-to-right sequenceg1p3 AND (response element OR promoter)g1p3 AND response element OR promoter3、The order can be changed by enclosing individual concepts in parentheses (processed first)PubMed157100 records 1 record u 用引号将两个单词组成一个词组16S RNA = 16S AND RNA “16S RNA”pseudopod* =pseudopod OR pseudopodia OR pseudopodium 检索须知(2)Nucleotide 16S RNA “16S RNA”260659 sequences 1811182 sequences exact matchu wild card, *, 放
3、在单词后使检索范围扩大,但 专一性降低1. Entrezhttp:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/NCBI 的检索体系优点:三种检索体系中最容易操作的体系 缺点:检索范围有限Entrez HelpEntrez可对8大类38个数据库进行检索Scientific literatureNucleic Acids Research 2007, 35:D5D12Entrez可对8大类38个数据库进行检索Sequence, Structure, ExpressionEntrez系统中数据库之间的连接NCBI主页选择“All Databases”或Entrez主页 ,输入关键词各个数据库中检索到的信息数量点击相应数据库查看信息目录, 每一条信息与其它数据库的相关 信息链接检索方法(1):跨库检索 (cross-database search)检索方法(2):选择数据库检索NCBI主页选择数据库,输入关键词检索到的信息目录,每一条信息 与其它数据库的相关信息链接查看信息内容Refining Your Search 查询Resistin基因的序列不是想要的结果!如何精简?Ref
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