一、EST数据分析平台的构建.ppt

EST数据分析平台的构建,石河子大学动物科技学院贾 斌,功能分类及代谢途径分析,目标基因的分析及应用,cDNA文库的构建,随机挑取克隆进行5’或3’端测序,序列前处理,聚类和拼接,EST数据注释,,,,,,,,分析平台的构建,,文献检索与数据收集,,,数据公布，形成文章,,一、硬件介绍： 1、个人电脑(PC机) 2、PC Cluster(集群) 3、小型服务器 4、大型机二、Unix操作系统及其常用命令简介(man、ls、cd、more、rm、mkdir、chmod、gzip、tar)三、常用EST数据分析软件的安装：例：1、BLAST 2、ClustalW 3、InterProScan 4、Perl,一、硬件介绍,1、个人电脑(较少数据，简单运算): EST分析所需的基本配置： • 处理器：1.7G CPU； • 内存：518MB以上；(BLAST：4000条EST与nt库比对，30MB) • 硬盘：50GB以上；,一组完整的计算机互联，作为统一的计算资源一起工作，并有一台机器的印象。

2、PC Cluster（较多数据、较复杂运算）,优点： 自由组装，良好的可扩展性； 性价比高； 抗突发性； 速度快 缺点： 不够稳定2、 PC Cluster,品牌：IBM、 HP、 SUN、Intel、DELL、曙光、浪潮、联想、方正等 外形：塔式、机架式、刀片和机柜式3、小型服务器(较多数据、较复杂运算)：,选购标准： （1）稳定性能（最重要） （2）针对性原则 （3）够用原则,3、小型服务器,低档配置 中档配置 高档配置CPU Xeon DP 2.6G*1 Xeon MP 3.0GHz*1 Xeon MP 3.0GHz*2 Opetron 2.0G*1 Opteron 2.6G*2 (Intel) 缓存:512KB 缓存:1024KB 缓存:8192KB (AMD) 1024KB 1024KB 内存(标准) 512MB 1024MB 1024MB*2 (最大) 4096MB 30786MB 30786MB (工作频率)133MHz 266MHz 400MHz硬盘 73G*2 73G*2 0价格 7000-10000元 14000-16000元 20000-40000元,3、小型服务器,3、小型服务器（数据安全）,缺点： ◆ 价格较高； ◆ 操作系统、设备和部件比较专用，用户 本身维护困难； ◆ 可扩展性不强。

3、小型服务器,一般指system/360 开始的一系列的IBM计算机；也可以指其他厂商制造的兼容系统 特点：并行性； 软硬件协同4、大型机(海量数据、复杂运算)：,优点：高可靠性； 高可用性； 高服务性 缺点：设备昂贵； 维护困难； 可扩展性不强等4、大型机,EST数据分析常用硬件设备比较,二、Unix/Linux及其常用命令简介,1、Unix概述： 功能强大的操作系统，管理计算机资源 典型的服务：执行新程序； 打开文件； 读文件； 分配存储区等2、不同风格的Unix： 1） Linux: ① 自由软件(免费、修改、传播)； ② 具有Unix的全部功能； ③ 对硬件要求低； ④ 稳定。

比较流行的版本：Red Hat Linux、 Turbo Linux 、Slackware Linux、SuSe Linux主要特点：（1）开放性; （2）多用户;（3）多任务;（4）良好的可移植性;（5）可靠的安全系统 ：对读、写控制、带保护 的子系统、审计跟踪、核心授权等1） Linux:,2）其他常见的Unix版本： BSD（伯克利软件发布版）；各种商业版的Unix系统，比如：SCO Unix 品牌机常用：Solaris(Sun)，IRIX(SGI)， Digital Unix(Compaq)，HP-UX(HP)和AIX(IBM) 一）Linux与MS-DOS： 有些命令相同或相似，如cd(..)－cd(..)、telnet－telnet等； Linux的多用户、多任务、网络等功能是MS-DOS所不能比的；,3、 Linux与其他系统的比较：,（二）Linux与Windows: Windows: 专用系统，开发公司控制接口和设 计，建立严格的标准，价格高。

Linux: 自由软件3、 Linux与其他系统的比较：,1）系统需求： 安装Red Hat Linux 9.0所需的最低配置： • 200MHz奔腾或者以上的CPU； • 256MB以上内存； • 最少475MB的硬盘空间，如果希望完全安装，需要5.0GB的硬盘空间4、建立一个Linux工作站：,2）对硬盘进行分区； 3）选择安装方式： ⅰ. 最小(约需475MB)； ⅱ. 所有推荐软件包(约需10 0 0MB)； ⅲ. 所有推荐软件包加上商业软件包 (约需要5 0 0 0MB)4、建立一个Linux工作站：,具体安装步骤可参考以下资料：① 高鹏 著,4、建立一个Linux工作站,5、Linux的应用：（1）系统的登陆,登陆到服务器： 文字界面方法：telnet登陆如：打开“开始” →“运行”，在跳出的窗口中键入“telnet+服务器IP地址”登陆到服务器后，键入用户名和密码登陆到服务器：,图形化界面方法：用Windows下的X-server软件(如：X-win等)登陆到服务器上工作(输入服务器IP地址，键入用户名和密码)，结果显示在本地计算机上。

2）shell提示符: 编写、启动、挂起、停止程序 Unix系统常用的shell：bash、tcsh、csh、ash、sh、zsh、ksh等 Linux默认shell为bash3）常用Linux命令(区分大小写)： 命令名称 作用 man 获取帮助 ls 列出当前目录下的文件 cd 切换子目录 more 显示文件内容 rm 删除文件 pwd 显示所在位置的完整路径 mkdir 建立子目录 chmod 改变文件的权限 gzip 压缩文件、解压缩 tar 归档,,,1）使用man命令获取帮助： 阅读man命令的使用手册页： $ man commandname,（3）常用Linux命令：,2）文件和目录操作 ： ① 使用ls命令列出当前目录下的文件： $ ls [-options] filename 参数： -l：长格式列出目录内容（存取权限、文件 个数、所有者、文件长度、建立日期、 文件名） -a：列出全部文件，包括隐藏文件,（3）常用Linux命令：,（3）常用Linux命令：,② 使用cd (切换子目录)命令进入不同的目录： cd 命令后跟一个路径名：可直接进入另一个子目录； cd ..命令：在目录树中向上移一级； cd 或者cd ～ ：回到自己的用户子目录 。

③用more显示文件内容： $ more filename 当一页显示不下时，分页显示，按空格往后翻页，按b往前翻3）常用Linux命令：,（3）常用Linux命令：,④用rm命令删除文件： $ rm [-options] filename 参数： -i：对于每一个文件都询问是否删除 -f：不做提示直接删除指定文件 -r：删除目录中的所有内容并删除目录本身,（3）常用Linux命令：,⑤用pwd显示所在位置的完整路径： $ pwd,⑥ 用mkdir命令建立子目录： $ mkdir dirname,（3）常用Linux命令：,⑦ 用chmod命令改变文件的权限： $ chmod MODE filename 4-2-1对应权限：r(读)-w(写)-x(执行) rwxrwxrwx (-所有者-分组-其他用户-),（3）常用Linux命令：,,,,,,,,,,,,,⑧ 用gzip命令压缩文件： $ gzip filename 解压缩文件，可以使用gunzip命令或gzip命令的-d解压缩参数。

3）常用Linux命令：,⑧ 用tar命令进行归档(生成包含多个子目录和多个文件的档案文件)： $ tar [-options] tarfilename files/directories 参数： -c：创建一个归档文件； -v：要求tar在归档时显示每一个文件的名称； -f：说明tarfilename是要创建的归档的文件名称； -x：用来对归档文件进行释放 -z：用gzip压缩/解压缩文件,。