关于第一性计算的结果讨论(电荷密度-能带-态密度).doc

关于第一性计算的结果讨论(电荷密度，能带，态密度)用第一原理计算软件开展的工作，分析结果主要是从以下三个方面进行定性/定量的讨论：  1、电荷密度图（charge density）；  2、能带结构（Energy Band Structure）；  3、态密度（Density of States，简称DOS）     电荷密度图是以图的形式出现在文章中，非常直观，因此对于一般的入门级研究人员来讲不会有任何的疑问唯一需要注意的就是这种分析的种种衍生形式，比如差分电荷密图（def-ormation charge density）和二次差分图difference charge density）等等，加自旋极化的工作还可能有自旋极化电荷密度图（spin-polarized charge density）所谓"差分"是指原子组成体系（团簇）之后电荷的重新分布，"二次"是指同一个体系化学成分或者几何构型改变之后电荷的重新分布，因此通过这种差分图可以很直观地看出体系中个原子的成键情况通过电荷聚集（accumulation）/损失（depletion）的具体空间分布，看成键的极性强弱；通过某格点附近的电荷分布形状判断成键的轨道（这个主要是对d轨道的分析，对于s或者p轨道的形状分析我还没有见过）。

分析总电荷密度图的方法类似，不过相对而言，这种图所携带的信息量较小    能带结构分析现在在各个领域的第一原理计算工作中用得非常普遍了但是因为能带这个概念本身的抽象性，对于能带的分析是让初学者最感头痛的地方关于能带理论本身，我在这篇文章中不想涉及，这里只考虑已得到的能带，如何能从里面看出有用的信息首先当然可以看出这个体系是金属、半导体还是绝缘体判断的标准是看费米能级和导带（也即在高对称点附近近似成开口向上的抛物线形状的能带）是否相交，若相交，则为金属，否则为半导体或者绝缘体对于本征半导体，还可以看出是直接能隙还是间接能隙：如果导带的最低点和价带的最高点在同一个k点处，则为直接能隙，否则为间接能隙在具体工作中，情况要复杂得多，而且各种领域中感兴趣的方面彼此相差很大，分析不可能像上述分析一样直观和普适不过仍然可以总结出一些经验性的规律来主要有以下几点：   1） 因为目前的计算大多采用超单胞（supercell）的形式，在一个单胞里有几十个原子以及上百个电子，所以得到的能带图往往在远低于费米能级处非常平坦，也非常密集原则上讲，这个区域的能带并不具备多大的解说/阅读价值因此，不要被这种现象吓住，一般的工作中，我们主要关心的还是费米能级附近的能带形状。

     2） 能带的宽窄在能带的分析中占据很重要的位置能带越宽，也即在能带图中的起伏越大，说明处于这个带中的电子有效质量越小、非局域（non-local）的程度越大、组成这条能带的原子轨道扩展性越强如果形状近似于抛物线形状，一般而言会被冠以类sp带（sp-like band）之名反之，一条比较窄的能带表明对应于这条能带的本征态主要是由局域于某个格点的原子轨道组成，这条带上的电子局域性非常强，有效质量相对较大     3） 如果体系为掺杂的非本征半导体，注意与本征半导体的能带结构图进行对比，一般而言在能隙处会出现一条新的、比较窄的能带这就是通常所谓的杂质态(doping state)，或者按照掺杂半导体的类型称为受主态或者施主态     4） 关于自旋极化的能带，一般是画出两幅图：majority spin和minority spin经典的说，分别代表自旋向上和自旋向下的轨道所组成的能带结构注意它们在费米能级处的差异如果费米能级与majority spin的能带图相交而处于minority spin的能隙中，则此体系具有明显的自旋极化现象，而该体系也可称之为半金属（half metal）。

因为majority spin与费米能级相交的能带主要由杂质原子轨道组成，所以也可以此为出发点讨论杂质的磁性特征     5） 做界面问题时，衬底材料的能带图显得非常重要，各高对称点之间有可能出现不同的情况具体地说，在某两点之间，费米能级与能带相交；而在另外的k的区间上，费米能级正好处在导带和价带之间这样，衬底材料就呈现出各项异性：对于前者，呈现金属性，而对于后者，呈现绝缘性因此，有的工作是通过某种材料的能带图而选择不同的面作为生长面具体的分析应该结合试验结果给出如果我没记错的话，物理所薛其坤研究员曾经分析过$\beta$-Fe的(100)和(111)面对应的能带有兴趣的读者可进一步查阅资料     原则上讲，态密度可以作为能带结构的一个可视化结果很多分析和能带的分析结果可以一一对应，很多术语也和能带分析相通但是因为它更直观，因此在结果讨论中用得比能带分析更广泛一些简要总结分析要点如下：   1） 在整个能量区间之内分布较为平均、没有局域尖峰的DOS，对应的是类sp带，表明电子的非局域化性质很强相反，对于一般的过渡金属而言，d轨道的DOS一般是一个很大的尖峰，说明d电子相对比较局域，相应的能带也比较窄。

     2） 从DOS图也可分析能隙特性：若费米能级处于DOS值为零的区间中，说明该体系是半导体或绝缘体；若有分波DOS跨过费米能级，则该体系是金属此外，可以画出分波（PDOS）和局域（LDOS）两种态密度，更加细致的研究在各点处的分波成键情况     3） 从DOS图中还可引入"赝能隙"（pseudogap）的概念也即在费米能级两侧分别有两个尖峰而两个尖峰之间的DOS并不为零赝能隙直接反映了该体系成键的共价性的强弱：越宽，说明共价性越强如果分析的是局域态密度（LDOS），那么赝能隙反映的则是相邻两个原子成键的强弱：赝能隙越宽，说明两个原子成键越强上述分析的理论基础可从紧束缚理论出发得到解释：实际上，可以认为赝能隙的宽度直接和Hamiltonian矩阵的非对角元相关，彼此间成单调递增的函数关系     4） 对于自旋极化的体系，与能带分析类似，也应该将majority spin和minority spin分别画出，若费米能级与majority的DOS相交而处于minority的DOS的能隙之中，可以说明该体系的自旋极化     5） 考虑LDOS，如果相邻原子的LDOS在同一个能量上同时出现了尖峰，则我们将其称之为杂化峰（hybridized peak），这个概念直观地向我们展示了相邻原子之间的作用强弱。

     以上是本人基于文献调研所总结的一些关于第一原理工作的结果分析要点期冀能对刚进入这个领域内的科研工作者有所启发受本人的水平所限，文章的内容可能会有理论上的不足  甚至错误之处，希望大家指出，共同发展第一原理计算物理的方法和研究内【求助】请教关于电子密度分布图的问题作者: yangyingwe (站内联系TA)    收录: 2011-09-23    发布: 2010-06-07请教哪位高手，如何将MS中的电子密度分布图保存为论文中可以用的平面电子密度分布图，而且要美观的那种，大家帮帮忙呀，谢谢哦zzgyb (站内联系TA)1、首先计算出电子密度，这个不用讲了；2、然后，选中3D原子文件，分析，选电子密度，同时选上等值面；3、先save－－>.grd文件它的文件格式为：a b c Charge 1 1 1 20.42913331794682 1 1 21.7033046608585243 1 1 25.5289021368170844 1 1 31.5300000492211055 1 1 39.0744317755414916 1 1 46.869700929673286....................................................4、这时候你如果import的话，就会看见电子密度图了。

5、下面就到问题的关键了，用MATLAB转换绘图1）从上面的文件内容我们可以知道，其内容格式十分整齐，就是a b c 坐标然后跟着该点上的电荷密度，而且坐标都是整数比如计算的材料是正交系的，三个角都是直角，而且a b c的值都是1到45，你就可以可以偷懒2）数据的输入及转换在MATLAB中，用csvread先读入电子密度，设为V;再重整：V=RESHAPE(v,45,45,45)；3）坐标点的整理先在MS中确定用a面，就是b,c面，和a轴垂直的，那个面（100），得到一组normal和 position属性，position假定为3.17然后mesh格点：=meshgrid(1:45,1:45)sx=zeros(45,45)+3.17这样数据就整理好了4）绘图绘图：contourslice(V,sx,sy,sz)yangyingwe (站内联系TA)Originally posted by zzgyb at 2010-06-07 1101:1、首先计算出电子密度，这个不用讲了；2、然后，选中3D原子文件，分析，选电子密度，同时选上等值面；3、先save－－>好像和acridine兄说的不同，没有发现有.grd文件，但是目录中会多出一个.charg_frm文件 ...非常感谢，谢谢啦guolianshun (站内联系TA)3楼: Originally posted by yangyingwe at 2010-06-08 0954:非常感谢，谢谢啦你好看懂了吗，怎么选择等值面呀？谢谢guolianshun (站内联系TA)2楼: Originally posted by zzgyb at 2010-06-07 1101:1、首先计算出电子密度，这个不用讲了；2、然后，选中3D原子文件，分析，选电子密度，同时选上等值面；3、先save－－>.grd文件。

它的文件格式为：a b c Charge 1 1 1 20.42913331794682 1 1 21.70 ...怎么选择等值面呀？谢谢访问小木虫论如何用MS中的DMOL3模块，算完一个分子的所有性质之后，看到它的电荷密度差分布图啊， 比如氯化氢，都知道氢分子丢电子，氯分子的电子，所以氢分子的电子密度减小，氯分子的等咋，如何在从图中表现啊，我看好多文献都有这样图，我弄不出来啊sesea7 (站内联系TA)在计算的时候，properties选项卡里面勾选Electron density算完之后在输出文件.xsd中用Dmol的Analasis，选中Electron density，点import，就可以看到等值面之后用工具条切片工具条在view>toolbars>volume visulization中点击Creat slices，有切片了再右键调节color mapps，自己试试，就能看到你说的图了GTF1902 (站内联系TA)2楼: Originally posted by sesea7 at 2012-11-16 1614在计算的时候，properties选项卡里面勾选Electron density。

算完之后在输出文件.xsd中用Dmol的Analasis，选中Electron density，点import，就可以看到等值面之后用工具条切片工具条在view>toolbars>volum ...我也知道有切片，但是整个切片只有一种颜色，比如，HCl分子，我是想让得电子的Cl原子显现一种以颜色，使点的的H原子带另一种颜色，可是我的整个分子都是蓝色，整个切片也是蓝色啊，我想要的使电子密度差分布图，和原来的单个原子相比，这两种原子得失电子显现不同。