用MaterialStudio构建复杂模型及转换成poscar的2种方法.doc

用Material Studio构建复杂模型及转换成poscar的2种方法这里我介绍“用Material Studio构建稍微复杂的表面模型二这里介绍的 是构造一个根号3x2的Dt (111)表面用MS Modeling制作slab模型结构图1, 打开MS modeling,建立一个项目，如test；2, 右击test项冃，在下拉菜单中选择import,在弹出的菜单中选择Structures/metals/pure-metals/Pt;3, 在主菜单中的 Build 选择 surfaces/Cleave surface,4, 在弹岀的菜单中处理数据⑴ 在surface box界面下a) 你所要做的表面,女0[111];也就是将cleave plane [h k l]＞改成[1 11];b) 修改深度，即将depth修改成你所需要的原子层数，如4；(ii) 在options界面下将Orientation standard选项改成U矢量沿x轴方向，V在xy平面(iii) 在 surface Mesh 的界面下修改U,V矢量如保持U不变，将V矢量修改成0.5 0.5 -15, 点击cleave,产生一个[1 1 1]的表面模型，6, 在主菜单中的 Build 选择 Crystals/Build Vaccum Slab7, 在弹出的菜单中修改相应的参量，比如将真空厚度修改成14angstrom, 点击build产生一个Slab模型；8, 在主菜单中的Build选择Symmetry/supercell,将单胞修改成你所需 要的大小，如将A修改成2,点击Create supercell这样产生了你所要的表面在该表面，你可以非常简单的看出hep与fee的差别，以及top, bridge 位置。

如果你需要产生vasp的poscar文件，那么你可以从ms模块导出这个 文件为.car文件（它是卡迪尔坐标）,简单进行处理下就变成vasp 了 比如我这里有个car坐标：Quote:SBIOSYM archive 3PBC=2DMaterials Studio Generated CAR File•DATEThu Nov 16 09:42:17 2006PBC11.5352 4.9949 90.0000(p1)Au10.0000000002.679917131-2.354607603XXXX1XXAu0.000Au25.7675871712.679917131-2.354607603XXXX1XXAu0.000Au32.8837935862.679917131-2.354607603XXXX1XXAu0.000Au48.6513807572.679917131-2.354607603XXXX1XXAu0.000Au51.4418967930.182478626-2.354607603XXXX1XXAu0.000Au67.2094839640.182478626-2.354607603XXXX1XXAu0.000Au74.3256903790.182478626-2.354607603XXXX1XXAu0.000Au810.0932775500.182478626-2.354607603XXXX1XXAu0.000Au91.4418967931.8474376290.000000000XXXX1XXAu0.000Au107.2094839641.8474376290.000000000XXXX1XXAu0.000Au114.3256903791.8474376290.000000000XXXX1XXAu0.000Au1210.0932775501.8474376290.000000000 XXXX 1XXAi0.000Au130.0000000004.344876134-0.000000000XXXX1XXAu0.000Au145.7675871714.3448761340.000000000XXXX1XXAu0.000Au152.8837935864.3448761340.000000000 XXXX 1XXAu0.000Au168.6513807574.3448761340.000000000 XXXX 1XXAu0.000endend要转换成vasp,下面贴出我的程序是:CODE: [Copy to clipboard]parameter(nsum=l6,nsun=0,n=l6) real x (n) , y (n) , z (n) real lx (3),ly (3),lz (3) real 丄Attice character pcharacter*18 selective character*6 direct lx=0.0:Ly=0・0lz=0.0lattice=4 ・ 64lx(1)= 11・ 8800/latticely(2)= 6・5761/lattice lz(3)= 15・ 8554/latticeopen(1,file=nAu (1 1 1) (4).carn)do i=l,5read(1, *)enddodo i=lr nread(1,*)pz x(i)z y (i)z z (i) enddodo i=l,2read(1,*)enddoclose (1)open(2,file=nPOSCARn)write(2z "rutile ・ Ti02 (110)Hwrite (2,15)lattice15 format(f15 ・ 8)write (2,16)lxwrite (2,16)lywrite (2,16)lz16 format(3f15 ・8)write(2 z17)nsum,nsun17 format(215)Selective=nSelective dynamics"direct=ndirectnwrite(2,171)Selectivewrite(2 z172)"direct"171 format(A18)172 format(A6)do i=l,nwrite(2,18)x(i)/lx(1)/lattice,y (i)/ly (2)/lattice,z (i)/lz(3)/lattice18 format (3fl5 ・8J T T Tn)enddoclose (2)end那么产生的poscar文件：Quote:rutile.TiO2(110)4.640000002.56034500.00000000.00000000.000000001.41726300.00000000・00000000.000000003.4171120016 0Selective dynamicsdirect.00000000.40752380-.14850510TTT.48548710.40752380-.14850510TTT.24274360.40752380-.14850510TTT.72823070.40752380-.14850510TTT.12137180.02774876-.14850510TTT.60685890.02774876-.14850510TTT.36411530.02774876-.14850510TTT.84960250.02774876-.14850510TTT.12137180.28093210.00000000TTT.60685890.28093210.00000000TTT.36411530.28093210.00000000TTT.84960250.28093210.00000000TTT.00000000.66070720.00000000TTT.48548710.66070720.00000000TTT.24274360.66070720.00000000TTT.72823070.66070720.00000000TTT如果觉得有用的话，大家就拍下砖啊， 让更多的同志们能探讨和学习表面构建. 支持下我的呕心原创A_A!第二种构建poscar进阶方法，可构建高 指数面，纳米线管等复杂结构在ms模块中搭建好所需要的的结构，然后点一个模块比如castep下拉 菜单中的“calcualtion”，岀现一个菜单，在该菜单最下方出现三个选项, run, files, help,我们选择点击“files”，然后点击“save files”。

这个时 候你建立的结构就会默认保存在项冃下你到项冃下打开你保存的文 件会看到一个二cell文件，如果看不到，你就到工具栏下设置下显示 隐藏的文件，tcell是隐藏的文件打开这个cell文件，你会看到前面 是坐标文件，比如：CODE: [Copy to clipboard]%BLOCK LATTICE_CART2.555294556406364 -1.475300000000001 0.00000000000.0000000000000002.9506000000000000.000000000000000%ENDBLOCK LATTICE_CART%BLOCK POSITIONS_FRACTi 0.3333333333333334 0.6666666666666667 0.2500000000000000Ti -0.3333333333333334 -0.6666666666666667 0.7500000000000001%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC%BLOCK KPOINTS_LIST-0.50000000000000000.010000000000000-0.50000000000000000.010000000000000-0.50000000000000000.010000000000000-0.50000000000000000.040000000000000-0.50000000000000000.040000000000000-0.50000000000000000.040000000000000-0.5000000000000000-0.500000。