琼脂糖凝胶与核酸电泳小知识.docx

琼脂糖凝胶与核酸电泳小知识琼脂糖凝胶与核酸电泳小知识影响核酸电泳迁移率的几个因素影响核酸电泳迁移率的几个因素1 1、、 核酸分子大小核酸分子大小在一定浓度的琼脂糖凝胶中，DNA 片段迁移距离和其含有的碱基对数量成反比，因此可以通过与标准条带迁移距离进行比较，由此得出目的条带的大小，但这仅对双链线性的 DNA 比较准确（DNA Marker 一般为双链线状 DNA） ，且对大于 20kb 的 DNA 不适用（普通琼脂糖凝胶很难将其分开） 2 2、、 核酸分子构象核酸分子构象DNA 分子在电场中的迁移速度不仅和分子量有关，还和它本身的构象有关相同分子量的线状、开环和超螺旋 DNA 在琼脂糖凝胶中的移动速度不一样，移动速度次序为：共价闭环 DNA>线性 DNA>开环 DNA当琼脂糖浓度太大时，环状的 DNA 一般不能进入胶内（停留在孔中） 3 3、、 琼脂糖浓度琼脂糖浓度同样的线状 DNA 分子在不同浓度的琼脂糖凝胶中的迁移速度不同，DNA 电泳迁移率的对数和琼脂糖凝胶浓度呈线性关系，凝胶浓度的选择取决于 DNA 分子的大小琼脂糖凝胶浓度与线性琼脂糖凝胶浓度与线性 DNADNA 分辨范围分辨范围凝胶浓度（%）线性 DNA 长度（bp）0.51000~300000.71.01.21.52.0800~12000500~10000400~7000200~300050~20004 4、、 电源电压电源电压在低电压时，线状 DNA 片段的迁移速率和所加电压成正比。

但电压增加，琼脂糖凝胶的有效分离范围将缩小要使大于 2kb 的 DNA 片段的分离率达到最大，所使用的电压不得超过 5V/cm5 5、、 电泳方式电泳方式用于分离核酸的琼脂糖凝胶电泳可分为垂直型及水平型(平板型)垂直型电泳，一般用聚丙烯酰胺凝胶做为支撑物水平型电泳时，凝胶板完全浸泡在电极缓冲液下1-2mm，故又称为潜水式目前更多用的是后者，因为它制胶和加样比较方便，电泳槽简单，易于制作，又可以根据需要制备不同规格的凝胶板，节约凝胶，因而较受欢迎6 6、、 嵌入染料的存在嵌入染料的存在常用的荧光染料 EB 可以嵌入到堆积的碱基对之间，使其刚性更强，并使其迁移速率有所下降7 7、、 电泳缓冲液的离子强度电泳缓冲液的离子强度电泳缓冲液的组成和离子强度也能影响 DNA 的迁移速度在离子存在很少的情况下（如无用蒸馏水配制凝胶） ，电导率最小，DNA 几乎不移动；在高离子强度的缓冲液中（如误用 10×电泳缓冲液） ，则电导率很高并产热明显，严重时能引起凝胶融化或DNA 变性。