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第八章 药物转录组学第一节第一节转录组学概述转录组学概述（一）转录组（transcriptome）指生命单元（通常是一种细胞）所能转录出来的可直接参与蛋白质翻译的mRNA（编码RNA）总和，而其他所有非编码RNA均可归为RNA组（RNome）1.1.转录组来自于转录组来自于基因基因组组,量小得多但重要（量小得多但重要（人人类类基因基因组组包含有包含有30亿亿个碱基个碱基对对，其中大，其中大约约只有只有3 3万个基因万个基因转录转录成成mRNA分子，分子，转录转录后的后的mRNA能被翻能被翻译译生成蛋白生成蛋白质质的也只占整个的也只占整个转录组转录组的的40%左右左右）2.2.转录组转录组的定的定义义中包含了中包含了时间时间和空和空间间的限定同一同一细细胞在不同的生胞在不同的生长时长时期及生期及生长环长环境下，境下，其基因表达情况是不完全相同的其基因表达情况是不完全相同的二）转录组与基因组（二）转录组与基因组的的关系关系（三）转录组学（transcriptomics）是在整体水平上研究细胞编码基因转录情况及转录调控规律的科学转录组转录组学学研究方法：研究方法：1.1.基因芯片基因芯片技术技术2.2.基因表达系列分析（基因表达系列分析（Serial Analysis of Gene Expression，SAGE）3.3.大规模平行信号测序系统大规模平行信号测序系统4.RNA4.RNA测序技术测序技术1.1.基因芯片基因芯片技术技术基因芯片基因芯片（gene chipgene chip）又称）又称 DNA DNA 芯片，芯片，指将大量（通常每平方厘米点阵密度高于指将大量（通常每平方厘米点阵密度高于 400 400）探针分子固定于支持物上后与标记）探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交，通过检测每个探针的样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。

数量和序列信息按用途分按用途分表达谱表达谱芯片芯片诊断诊断芯片芯片指纹图谱指纹图谱芯片芯片测序芯片测序芯片毒理芯片毒理芯片芯片芯片实验实验室是生物芯片技室是生物芯片技术发术发展的展的最最终终目目标标基因芯片的基因芯片的特特点点：1.1.操作简单操作简单2.自自动动化化程度高程度高3.3.序列数量大序列数量大4.4.检测效率高检测效率高5.5.应用范围广应用范围广6.6.成本较低成本较低DNA芯片技芯片技术术步骤步骤芯片制备芯片制备实实性材料性材料：硅芯片、玻片和瓷片：硅芯片、玻片和瓷片需需进进行行预处预处理，使其表面衍生出理，使其表面衍生出羟羟基、氨基、氨基活性基基活性基团团膜性材料膜性材料：聚丙：聚丙烯烯膜、尼膜、尼龙龙膜、硝酸膜、硝酸纤维纤维膜膜通常包被氨基硅通常包被氨基硅烷烷或多聚或多聚赖赖氨酸氨酸样品样品制备制备样品分离纯化样品分离纯化DNA,mRNA扩增扩增PCR,RTPCR，固相，固相PCR标记标记荧光标记（常用荧光标记（常用Cy3、Cy5），生物素、放射性标），生物素、放射性标记记分子分子杂杂交交样品与样品与DNA芯片上的探针阵列进行杂交芯片上的探针阵列进行杂交与经典分子杂交的区别：与经典分子杂交的区别：1.1.杂交时间短，杂交时间短，30分钟内完成分钟内完成2.2.可同时平行检测许多基因序列可同时平行检测许多基因序列影响杂交反应的因素：影响杂交反应的因素：盐浓度、温度、反应时间、盐浓度、温度、反应时间、DNA二级结二级结构构检测检测分析分析1.1.激光激发使含荧光标记的激光激发使含荧光标记的DNA片段发射荧光片段发射荧光2.2.激光扫描仪或激光共聚焦显微镜采集各杂交激光扫描仪或激光共聚焦显微镜采集各杂交点的信号点的信号3.3.软件进行进行图象分析和数据处理软件进行进行图象分析和数据处理2.2.基因表达系列分析基因表达系列分析基因表达系列分析（Serial Analysis of Gene Expression，SAGE）是通过快速和详细分析成千上万个EST（express sequenced tags）来寻找出表达丰富度不同的SAGE标签序列，从而比较完整地获得基因组的表达信息。

SAGE能够快速、全范围提取生物体基因表达信息，对已知基因进行量化分析SAGE也能应用于寻找新基因EST（Expressed Sequence tags，表达序列标签）是从已建好的cDNA库中随机抽取克隆，从5末端或3末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序，所获得的约60-500bp的一段cDNA序列SAGE的主要依据第一，一个910碱基的短核苷酸序列标签包含有足够的信息，能够唯一确认一种转录物第二，如果能将9碱基的标签集中于一个克隆中进行测序，并将得到的短序列核苷酸顺序以连续的数据形式输入计算机中进行处理，就能对数以千计的mRNA转录物进行分析SAGE的主要过程第一阶段：SAGE文库的构建以biotin-oligo dT为引物将mRNA反转录合成双链cDNA，经锚定酶（Anchoring Enzyme,AE）酶（如Nla、Sau3A等）切后收集cDNA的3端部分anchor 锚，靠山 synthesis 综合物 zyme酶，病菌 enzyme酶将收集的3端cDNA等分为两部分，分别同接头A、B相连接每一种接头的结构都由PCR扩增引物A或B的序列、标签酶识别位点和锚定酶识别位点三部分组成。

标签酶（Tagging Enzyme,TE）是一种IIS类限制性内切酶，如BsmF I等，它在距识别位点下游约20bp的位置切割DNA双链连接产物以标签酶酶切后用Klenow酶补平5突出端，得到两组分别带有接头A、B的短cDNA片段（约50bp）混合并连接两组短cDNA片段，形成一个约100bp的双标签体（ditag）群，并以引物A和B对其进PCR扩增ample充足的amplifiy增强 放大用锚定酶切割扩增产物，分离纯化去除接头后的双标签体（约26bp），并使之相互连接成为大片段的连接体，克隆至质粒载体内形成一个SAGE文库以备集中测序第二阶段：SAGE文库的测序第三阶段：标签序列的提取 对测序得到的标签数据进行分析处理在所测得序列中的每个双标签体之间由锚定酶序列相间隔，每一标签序列是否出现以及出现的频率将代表基因是否表 达以及表达的水平一般一个测序反应的结果可得到约20个双标签体，亦即包含了约40个转录本的信息3.大规模平行信号测序系统大规模平行信号测序系统大大规规模平行信号模平行信号测测序系序系统统MPSS(massively parallel signature sequencing,MPSS)是以基因是以基因测测序序为为基基础础的新技的新技术术，其方法学基，其方法学基础础是一个是一个标签标签序列（序列（10-20bp）含有能）含有能够够特异特异识别转录识别转录子的信息，子的信息，标签标签序列与序列与长长的的连续连续分子分子连连接在接在一起，便于克隆与序列分析。

通一起，便于克隆与序列分析通过过定量定量测测定定可以提供相可以提供相应转录应转录子的表达水平，也就是将子的表达水平，也就是将mRNA的一端的一端测测出一个包含出一个包含10-20个碱基的个碱基的标标签签序列，每一个序列，每一个标签标签序列在序列在样样品中的品中的频频率率（拷（拷贝贝数）就代表了与数）就代表了与该标签该标签相相应应的基因表的基因表达水平达水平技术方法(1)首先将首先将cDNA 模板体外模板体外“克隆克隆”到直径到直径5m的微球体上的微球体上克隆克隆”的方法主要是利用人工的方法主要是利用人工设计长设计长度不同的两度不同的两类类互互补补寡核苷酸寡核苷酸,分分别别与与cDNA 模板和微球体模板和微球体连连接之后接之后,再将再将cDNA 模板模板与微球体与微球体连连接起来为为了能装了能装载载下下细细胞内所胞内所有的有的cDNA 模板模板(若以若以34 104 个基因个基因计计算算),寡核苷酸的数量至少寡核苷酸的数量至少应该应该要比模板的量多要比模板的量多100 倍以倍以上2)用DpnII 酶切处理微球体上的cDNA 模板,形成粘性末端3)用含有II 型限制性内切酶Bbv1 识别位点的不同寡核苷酸接头与连接在微球体上的cDNA 模板相连接,另外每一种接头的3端还带有一个荧光标记,可与荧光探针杂交,产生荧光信号,该信号可以反映出接头5端与模板cDNA 杂交的不同位置上的碱基信息,从而获取模板cDNA 的序列信息。

4)分别加入能产生红黄蓝绿杂交信号的四套荧光探针,进行杂交,每次杂交完毕用洗脱液清洗微球体阵列,除去上一轮杂交的荧光探针用显微拍照的方法记录荧光信号,并将四种信号的图像输入计算机储存5)用II 型限制性酶Bbv1 进一步消化cDNA模板,Bbv1 能在距识别位点约13 个碱基的位置切割cDNA 双链,并在cDNA 模板上产生下4 个碱基末端6)洗脱除去寡核苷酸接头,经过Bbv1 酶切后的cDNA 模板,进入下一轮分析重复(3)(5)的步骤45 次后,分析所得到的1620 张荧光显微照片,就可以读出微球体阵列中每一个微球体上长度为1620bp 的cDNA 模板序列三者比较芯片无法同时大量地分析组织或细胞内基芯片无法同时大量地分析组织或细胞内基因组表达的状况，而且由于芯片技术需要因组表达的状况，而且由于芯片技术需要准备基因探针，所以可能漏掉那些未知的、准备基因探针，所以可能漏掉那些未知的、表达丰度不高的、可能是很重要的调节基表达丰度不高的、可能是很重要的调节基因SAGE是近年来发展的以测序为基础的是近年来发展的以测序为基础的分析特定组织或细胞类型中基因群体表达分析特定组织或细胞类型中基因群体表达状态的一项技术。

其显著特点是快速高效状态的一项技术其显著特点是快速高效地、接近完整地获得基因组的表达信息地、接近完整地获得基因组的表达信息SAGE可以定量分析已知基因及未知基因表可以定量分析已知基因及未知基因表达情况，在疾病组织、癌细胞等差异表达达情况，在疾病组织、癌细胞等差异表达谱的研究中，谱的研究中，SAGE可以帮助获得完整转录可以帮助获得完整转录组学图谱、发现新的基因及其功能、作用组学图谱、发现新的基因及其功能、作用机制和通路等信息机制和通路等信息MPSS是对是对SAGE的改进，它能在短时间内检的改进，它能在短时间内检测细胞或组织内全部基因的表达情况，是测细胞或组织内全部基因的表达情况，是功能基因组研究的有效工具因其需要配功能基因组研究的有效工具因其需要配套的软硬件较为昂贵，目前国内外的相关套的软硬件较为昂贵，目前国内外的相关应用报道不多应用报道不多MPSS技术对于致病基因的技术对于致病基因的识别、揭示基因在疾病中的作用、分析药识别、揭示基因在疾病中的作用、分析药物的药效等都非常有价值，该技术的发展物的药效等都非常有价值，该技术的发展将在基因组功能方面及其相关领域研究中将在基因组功能方面及其相关领域研究中发挥巨大的作用。

发挥巨大的作用4.RNA4.RNA测序技术测序技术RNA-seq即转录组测序技术，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来反映出它们的表达水平优点：（1）避免亚克隆引入的偏差；（2）测定序列更长更精确；（3）可得到转录可变剪接序列；（4）准确检测低表达基因，定量转录水平三）转录组学的意义（三）转录组学的意义以DNA为模板合成RNA的转录过程是基因表达的第一步，也是基因表达调控的关键环节与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的通过测序技术揭示造成差异的情况，已是目前最常用的手段第二节第二节转录组学在药学中的应用转录组学在药学中的应用一、药靶候选基因的鉴定一、药靶候选基因的鉴定药物靶标是指体内具有药效功能并能被药物作用的生物大分。