蛋白质质谱相关基础知识.ppt

蛋白质质谱相关知识蛋白质质谱相关知识余庆重庆邮电大学2014-11-30主要内容主要内容•串联质谱仪构造及其工作原理•利用质谱数据鉴定蛋白质的基本流程•串联质谱图（MS/MS）–MS/MS质谱图实例–肽段碰撞碎裂–碰撞诱导解离(CID)产生的碎片离子类型–MS/MS质谱的解析•串联质谱图（MS/MS）的大规模解析–串联质谱图（MS/MS）的大规模解析流程串联质谱仪构造及其工作原理串联质谱仪构造及其工作原理•串串联质谱仪的构造：的构造：质谱仪是用来测带电离子质量的串联质谱工作视频 质谱质量扫描 三重四级杆工作原理分离系分离系统质谱数据鉴定蛋白质基本流程质谱数据鉴定蛋白质基本流程鸟枪法MS/MS质谱图实例质谱图实例肽段碰撞碎裂段碰撞碎裂选定的肽段离子在碰撞室与惰性气体作用而发生碰撞诱导解离(collision-induced dissociation,CID)碰撞诱导解离(CID)产生的碎片离子类型肽链断裂点与离子类型示意图N端C端•在CID碎裂模式中，主要有三种不同的肽键断裂方式，产生6中不同的碎裂离子：即N端的a, b, c型离子与C端的x, y, z型离子. 每种断裂类型分别生成互补的两种离子, 如a-x,b-y,c-z 。

•最常见的是a 型离子、b 型离子和y型离子，其他类型离子较少出现•离子类型符号右下标的数字表示该离子所含有的氨基酸残基数目. 断裂后的离子还可能丢失一个中性的水分子或氨分子MS/MS质谱的解析质谱的解析串联质谱图（串联质谱图（MS/MS）的大规模）的大规模解析解析•分为三类：–数据库搜索方法目前最被广泛使用的方法其基本思路是“模板匹配”，将实验得到的图谱与从数据库理论酶切产生的肽段的理论预测图谱进行比对，按照一定的打分规则鉴定出匹配最好的肽段–从头测序方法–基于肽段序列标签的方法串串联质谱图（（MS/MS）的大）的大规模解析流程模解析流程原始原始质谱数据数据（（.raw、、.wiff文文件）件）数据格式转换蛋白蛋白质序序列数据列数据库转换为打分软件(如Mascot)可识别的数据格式（如：mgf）Uniprot DBensemblDBNCBI DB自构蛋白质序列肽段段图谱打分打分比比对软件（如件（如Mascot））得到得到肽段段图谱比比对结果果控制假阳性率控制假阳性率（（FDR））<1%或或5%得到得到结果果原始质谱数据原始质谱数据•不同质谱仪产出的质谱数据格式是不同的，如 .raw、.wiff文件。

查看这些文件需要专门的软件，如：Thermo Xcalibur Browserraw文件文件三三维数据数据MS/MS图谱原始质谱数据格式转换原始质谱数据格式转换•由于原始数据一般不能被肽段图谱比对打分软件所识别，所以需要经过格式转为打分软件可识别的格式数据，如：.mgf格式图谱肽段打分比对图谱肽段打分比对•常用软件如：Mascot肽段与图谱匹配情况l 图谱与最终鉴定得到的肽段间的匹配情况可以用plabel软件查看(plabel生成质谱图时所需信息的是从.mgf格式文件中提取的)谢谢！！。