imagej教程

关于本手册 - 请先阅读 ImageJ 是一个公共领域的 Java 图像处理程序由美国国立卫生研究院的 Macintosh 形象的启发。它运行在 任何一个 Java 1.1 或更高版本的虚拟机电脑，无论是作为一个 applet 或网上下 载的应用程序作为一个。 笔者，韦恩 Rasband（waynecodon.nih.gov），是在研究科，国立 心理健康，贝塞斯达，马里兰州，美国。 约 ImageJ 信息的最佳来源， 可以发现在 ImageJ 网页 （http:/rsb.info.nih.gov/ij/） 和 通过订阅 ImageJ 邮件列表（在主页上的细节）。本手册的目的是要介绍给 ImageJ 光学显微镜 - 一个 ImageJ 的剧目一小部分。 ImageJ 的一种方式，一个“插件”现在越来越多的补充本地大量功能（可选 需要额外安装）。的核心职能进行了详细的描述在 ImageJ 网站（按照 单证链接）。一个插件是一个文件（名为*.类），需要在“插件”子文件夹 ImageJ 文件夹，否则 ImageJ 不会加载它。 在本手册中，本机的功能是指在斜体，黑白文本，由插件斜体，深蓝色 文本。 ImageJ 功能都可以通过键盘快捷键访问，或“热键”。一些热键是硬到有 线 ImageJ，而另一些用户定义的。与大多数其他 Windows 应用程序，键盘快捷方 式不 要求“控制”键被按下（在 Microsoft Word 中，热键“复制”，例如，是按 Ctrl + C） 后，在 ImageJ， 这就是“C”的。 除非你已经安装了从赖特细胞成像设备网站 （手册ImageJ 和软件的链接），插件本手册中提到的和定制的键盘快捷方式或多或少（ “热键”）可能无法工作。 这也仅仅是被插件收集整理和我组织，他们都已经获得 摆脱 ImageJ 网站或其他地方上网。这项工作的信贷应该去 作者的插件（见附件）。请确保他们得到适当的承认，在任何 出版，他们的工作便利。我试图包括适当引用或联系方式 每位作者。让我知道任何遗漏，我会立即改正。 如果你是一个插件作者，你是不是你的插件的方式描述或包含或快乐 引，请让我知道。我会在必要时更新此手册。 本手册的目的是介绍性的概述，让您建立和运行，因此，并不详尽。 我开始工作，而在本手册 Babraham 学院，剑桥，英国（地址如下）就业。我 认为现在是一个“进展中的工作”。请发送任何意见： 托尼柯林斯博士 设施经理 赖特细胞成像设备 多伦多西方研究所 管委会 13-407 399 Bathurst 街 多伦多，开，M5T 2S8 电子邮箱：tonycuhnres.utoronto.ca 网址：www.uhnresearch.ca / wcif 目录 1 安装 ImageJ . . 1 1.1 视 窗 一 1.1.1 安装程序文 件 .一 1.1.2 更新核心方 案 一 1.1.3 设置内存分 配 一 1.2 Mac 和 Linux .一 1.3 OS2 的 .一 1.4 QuickTime 的功 能. . 一 1.5 升 级 一 1.5.1 ImageJ 核心方 案 一 1.5.2 插 件 2 1.6 Java 运行环 境 . 2 1.6.1 关 于 2 1.6.2 JRE 的版本比 较 . 2 1.6.3 安装的 JRE . 2 1.6.4 编译 ImageJ 插件一个新的 JRE .三 2 导入图像文 件 4 2.1 导入蔡司 LSM 的文 件. . 4 2.2 导入诺伦 SGI 的文 件. . 4 2.3 导入 Biorad PIC 文 件. 4 2.4 从文件夹中导入多个文 件 4 2.5 导入多从文件夹中原始序 列 5 2.6 导入 AVI 和 MOV 文 件 . 5 2.7 其他进口功 能 5 3 保存和导出文 件. 6 4 强与时间分 析. 7 4.1 亮度和对比 度 . 7 从单一的投资回报率 4.2 入门强度 值. 7 4.3 强度随时间的动态分 析 7 4.4 如何从多个投资回报强度 值. . 8 4.5 获取时间戳数 据 . 9 4.5.1 蔡司 LSM 的. . . 9 4.5.2 诺 伦 9 4.5.3 Biorad . . . 9 4.6 伪线扫 描 9 5 颗粒分 析. . . 10 5.1 自动颗粒计 数 10 5.1.1 阈值分 割. . 10 5.1.2 分水岭分 割. . 11 5.1.3 分析颗 粒. . 11 5.1.4 粒子跟 踪. . 11 5.2 手动计 数. . . 12 5.2.1 细胞计 数. . . . 12 5.2.2 点选择 器. . . 12 六色分 析. . 13 6.1 荧光 Colocalisation 分 析 。 13 6.1.1 Colocalisation 系 数. . . 13 6.1.2 突出 colocalised 像 素 . 14 7 影像强度处 理 . 15 7.1 亮度和对比 度 . 15 7.2 非线性对比度拉 伸 . 15 7.3 伽 玛 . 16 7.4 过 滤 17 7.5 背景校 正. . . 18 7.6 平场校 正. . . 19 7.6.1 适当的修 正. . 19 7.6.2 伪校 正 . 19 7.7 屏蔽不想要的区 域 . 20 7.7.1 简单的掩 蔽. . 20 7.7.2 复杂掩 蔽. . . 20 二 8 彩色图像处 理 21 8.1 合并多通道图 像 21 8.1.1 蔡司 LSM 的多通道实 验. . 21 8.1.2 Biorad 多通道实 验 21 8.1.3 交错多通道实 验 . 21 8.1.4 彩色合 并. . . 22 8.2 Pseudocolour . . 22 9 堆栈切片操 作. 24 9.1 切片洗牌/删除/添 加. . 24 9.2 堆栈尺寸操 作 . 25 10 Z 轴功 能 26 10.1 栈预 测 26 10.1.1 最大密度的 Z -投 影:. . 26 10.1.2 索贝尔滤波器的聚 焦. . 26 10.1.3 小波变换的集 中 . 26 10.2 体积呈 现. . . 27 10.3 表面渲 染. . 27 10.4 轴向切 片 . 28 10.5 正交视 图. . 28 10.6 对立体声和 Anaglyphs . . 29 10.6.1 批量渲染， anaglyphs . . 29 10.6.2 表面呈现， anaglyphs . . 30 11 吨-函 数 . 31 11.1 校正漂 白 . 31 11.2 F ÷ F0 的 32 11.3- F . . 33 11.4 曲面绘 图. . . 34 11.4.1“分析/曲面图”设 置 34 11.4.2 SurfaceJ 设 置. . 34 注释影像. 12 35 12.1 比例 尺. . 35 12.1.1 校准.空 间 . 35 12.1.2 新增规模 吧. . . 35 12.2 文本和线 条 36 12.2.1 与添加文字问 题. . 36 12.2.2 添加文字/线/ 盒. . 36 12.2.3 添加时间 戳. . . 37 12.2.4 添加事件标记电 影 37 13 附录 1：插件作 者 38 14 附录二：引用 ImageJ 和插 件 . 40 14.1 ImageJ . . 40 14.2 VolumeJ . 40 14.3 TransformJ . 40 14.4 扩展的焦 点. . . 40 15 附录三：我 Plugins 菜单和子菜 单. 41 16 附录四：切出键盘工具 栏 42 1 安装 IMAGEJ 1.1 视窗 如果您已经有 ImageJ 安装，它可能是值得的卸载它（重命名的文件夹），之后 安装说明如下。这将符合您的 ImageJ 复制本手册。额外的插件可以很容易地 以后补上。 1.1.1 安装程序文件 1。请从赖特细胞成像设备的网站 WCIF_Imagej_setup.exe 文件 （http:/www.uhnresearch.ca/wcif）。按照下载链接。 2。运行该程序。 3。快捷方式将被安装在您的桌面和开始菜单。 1.1.2 更新核心方案 现在升级 ImageJ 核心方案（文件 IJ.JAR）从 ImageJ 网站立即（见第 1.5.1 下文） - 由于升级的频率，在设置版本将过时。获得在该做的习惯 这个常规。 1.1.3 设置内存分配 不像其他的 Windows 应用程序 ImageJ 将只使用分配给它的内存。 默认情况下， WCIF ImageJ 假设安装有 512 MB RAM 的 PC，因此 ImageJ 默认情况下，已拨出 380 兆（推 荐 75的总 512MB 以上）。 如果您的电脑不具备 512MB 内存，然后通过改变分配的内存等于 RAM 总量的 75 菜单命令：“编辑/选项/存储”。虚拟内存中指定超过 75是真实的 RAM 结果 使用造成 ImageJ 变得非常缓慢和不稳定。见 http:/rsb.info.nih.gov/ij/docs/install/。 Mac 和 Linux 1.2 该 WCIF ImageJ 安装的 Windows。 Mac 和 Linux 用户可以从下载 ImageJ http:/rsb.info.nih.gov/ij/download.html 然后安装 WCIF“插件只”包。这将安装 本手册详细的插件和“首选项文件”（IJ_PREFS.TXT），这将匹配的菜单位置 该插件和本手册的捷径。 1.3 OS2 的 ImageJ将运行在OS2的， 但对于Biorad运行OS2的用户， 安装复杂ImageJ 8.3 文件名由 LaserSharp 软件所需的限制。与此帮助联系我（电子邮件 tonyc）。 1.4 QuickTime 的功能 当 QuickTime 是使用其默认设置安装，没有安装 Java 功能与它;这使得 ImageJ的QuickTime的功能不起作用。 需要安装QuickTime的一个自定义安装， 就 对于 QuickTime 的 Java 选项选中。这个选项默认是选中，并以某种方式下 安装选项列表，以便保持滚动，直到你找到它。这需要您登录与“行政中 特权“。见 http:/rsb.info.nih.gov/ij/plugins/qt-install.html。 1.5 升级 1.5.1 ImageJ 核心方案 你并不需要登录以管理员要做到这一点了，但 ImageJ 必须关闭。 ImageJ 升级 几天之内解决，以便 ImageJ 本身非常频繁，主要错误应该经常进行升级。你可 以 检查或注意到的版本出现在下方的工具栏启动，或找到您的版本的 ImageJ 在该 ImageJ 财产清单底部的版本，可以通过菜单命令调用 “插件/公用事业/ ImageJ 属性.”。作者：ImageJ 的最新版本可以在： http:/rsb.info.nih.gov/ij/upgrade/。 2 该文件需要的是所谓的 IJ.JAR。新 IJ.JAR 下载到“C： ImageJ”目录和过度写 现有 IJ.JAR。目前正在升级几乎每周发布的基础。详细的升级功能 可在网页上的 ImageJ 网站新闻页面的链接。 1.5.2 插件 在 ImageJ /新闻网页也有关于新的插件的细节。这些*. class 文件必须下