imagej教程
33页1、关于本手册 - 请先阅读 ImageJ 是一个公共领域的 Java 图像处理程序由美国国立卫生研究院的 Macintosh 形象的启发。它运行在 任何一个 Java 1.1 或更高版本的虚拟机电脑,无论是作为一个 applet 或网上下 载的应用程序作为一个。 笔者,韦恩 Rasband(waynecodon.nih.gov),是在研究科,国立 心理健康,贝塞斯达,马里兰州,美国。 约 ImageJ 信息的最佳来源, 可以发现在 ImageJ 网页 (http:/rsb.info.nih.gov/ij/) 和 通过订阅 ImageJ 邮件列表(在主页上的细节)。本手册的目的是要介绍给 ImageJ 光学显微镜 - 一个 ImageJ 的剧目一小部分。 ImageJ 的一种方式,一个“插件”现在越来越多的补充本地大量功能(可选 需要额外安装)。的核心职能进行了详细的描述在 ImageJ 网站(按照 单证链接)。一个插件是一个文件(名为*.类),需要在“插件”子文件夹 ImageJ 文件夹,否则 ImageJ 不会加载它。 在本手册中,本机的功能是指在斜体,黑白文本,由插件斜体,深蓝色 文
2、本。 ImageJ 功能都可以通过键盘快捷键访问,或“热键”。一些热键是硬到有 线 ImageJ,而另一些用户定义的。与大多数其他 Windows 应用程序,键盘快捷方 式不 要求“控制”键被按下(在 Microsoft Word 中,热键“复制”,例如,是按 Ctrl + C) 后,在 ImageJ, 这就是“C”的。 除非你已经安装了从赖特细胞成像设备网站 (手册ImageJ 和软件的链接),插件本手册中提到的和定制的键盘快捷方式或多或少( “热键”)可能无法工作。 这也仅仅是被插件收集整理和我组织,他们都已经获得 摆脱 ImageJ 网站或其他地方上网。这项工作的信贷应该去 作者的插件(见附件)。请确保他们得到适当的承认,在任何 出版,他们的工作便利。我试图包括适当引用或联系方式 每位作者。让我知道任何遗漏,我会立即改正。 如果你是一个插件作者,你是不是你的插件的方式描述或包含或快乐 引,请让我知道。我会在必要时更新此手册。 本手册的目的是介绍性的概述,让您建立和运行,因此,并不详尽。 我开始工作,而在本手册 Babraham 学院,剑桥,英国(地址如下)就业。我 认为现在是一个
3、“进展中的工作”。请发送任何意见: 托尼柯林斯博士 设施经理 赖特细胞成像设备 多伦多西方研究所 管委会 13-407 399 Bathurst 街 多伦多,开,M5T 2S8 电子邮箱:tonycuhnres.utoronto.ca 网址:www.uhnresearch.ca / wcif 目录 1 安装 ImageJ . . 1 1.1 视 窗 一 1.1.1 安装程序文 件 .一 1.1.2 更新核心方 案 一 1.1.3 设置内存分 配 一 1.2 Mac 和 Linux .一 1.3 OS2 的 .一 1.4 QuickTime 的功 能. . 一 1.5 升 级 一 1.5.1 ImageJ 核心方 案 一 1.5.2 插 件 2 1.6 Java 运行环 境 . 2 1.6.1 关 于 2 1.6.2 JRE 的版本比 较 . 2 1.6.3 安装的 JRE . 2 1.6.4 编译 ImageJ 插件一个新的 JRE .三 2 导入图像文 件 4 2.1 导入蔡司 LSM 的文 件. . 4 2.2 导入诺伦 SGI 的文 件. . 4 2.3 导入 Biorad PI
4、C 文 件. 4 2.4 从文件夹中导入多个文 件 4 2.5 导入多从文件夹中原始序 列 5 2.6 导入 AVI 和 MOV 文 件 . 5 2.7 其他进口功 能 5 3 保存和导出文 件. 6 4 强与时间分 析. 7 4.1 亮度和对比 度 . 7 从单一的投资回报率 4.2 入门强度 值. 7 4.3 强度随时间的动态分 析 7 4.4 如何从多个投资回报强度 值. . 8 4.5 获取时间戳数 据 . 9 4.5.1 蔡司 LSM 的. . . 9 4.5.2 诺 伦 9 4.5.3 Biorad . . . 9 4.6 伪线扫 描 9 5 颗粒分 析. . . 10 5.1 自动颗粒计 数 10 5.1.1 阈值分 割. . 10 5.1.2 分水岭分 割. . 11 5.1.3 分析颗 粒. . 11 5.1.4 粒子跟 踪. . 11 5.2 手动计 数. . . 12 5.2.1 细胞计 数. . . . 12 5.2.2 点选择 器. . . 12 六色分 析. . 13 6.1 荧光 Colocalisation 分 析 。 13 6.1.1 Colocali
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